【ACDC数据集】：预处理ACDC心脏3D MRI影像数据集到VOC数据集格式，nii转为jpg，label转为png

cv夏一笑2023-09-24 19:43

【Segment Anything Model】做分割的专栏链接，欢迎来学习。

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本专栏为公开数据集的预处理，持续更新中。

文章目录

  • [1️⃣ ACDC数据集介绍](#1️⃣ ACDC数据集介绍)
  • [2️⃣ ACDC数据集样例](#2️⃣ ACDC数据集样例)
  • [3️⃣ 预处理ACDC目标](#3️⃣ 预处理ACDC目标)
  • [4️⃣ 处理结果样图](#4️⃣ 处理结果样图)
  • [5️⃣ 代码](#5️⃣ 代码)
  • [6️⃣ 划分测试集和训练集](#6️⃣ 划分测试集和训练集)

1️⃣ ACDC数据集介绍

他是一个多类别的心脏3D MRI影像数据集`，2017年ACDC挑战赛（Automated Cardiac Diagnosis

Challenge）。
原数据集获取，网盘永久有效：

链接：https://pan.baidu.com/s/1F4Xq1crtUSmFcSKxwO4Eaw?pwd=ejfa 提取码：ejfa

--来自百度网盘超级会员V6的分享

2️⃣ ACDC数据集样例

首先夸夸👍 ，ACDC数据集存放格式非常规律👍 ，数据质量非常高👍 清晰了分为3类别。

training里有100例患者，testing里有50例患者。每个nii的切片个数不同根据勾画的肿瘤。

Info是媒体信息
patient001_4d.nii.gz是全部的切片，我也不知道从医学上怎么描述，就是这个患者的立体影像，包括没有肿瘤的部分
patient001_frame01.nii.gz是一个时期nii影响的压缩包
patient001_frame01_gt.nii.gz对应patient001_frame01.nii.gz的肿瘤勾画的label的压缩包。用四种像素对应了四个类别包括背景。
patient001_frame12.nii.gz是统一患者另一时期的影像
patient001_frame12_gt.nii.gz是对应的label

总之每个患者都有一个整体影像，还有两个不同成像和对应label。以下是打开之后的影像图。





3️⃣ 预处理ACDC目标

目标：处理ACDC的nii.gz数据集到VOC格式的2d的png图片

VOC格式 这篇文章有讲直达

例如：将patient001_frame01.nii.gz处理成几张png作为网络image的输入。将patient001_frame01_gt.nii.gz处理成几张png作为label。只处理了training的100例患者，把training当成了整个集合划分了训练测试。并且只关心了frame01第一阶段，第二个阶段的未关心。只关心了留下的部分。够了。

4️⃣ 处理结果样图

处理结果样图:

img转为jpg label转为png 并且像素为0-3. 0代表背景，1-3代表分类。label图像素太小，这里看不出来，可以看第三张数组图

5️⃣ 代码

事先准备好VOC文件夹

python 复制代码 
"""
处理官网下载的ACDC到网络要求的VOC格式，按需调用
author: cvxiayixiao
Wechat: cvxiayixiao
"""
import os
from os.path import join
import nibabel as nib
import gzip
import shutil
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

ori_ACDC_train_path = './ACDC_challenge_20170617/training'


def niigz2nii():
    """
    解压每个患者的01阶段的nii.gz 和 gt.nii.gz 到输入文件夹"ACDC_nii"
    """

    input_path = ori_ACDC_train_path
    # 处理image
    # target='frame01.nii'
    # output_path = 'ACDC_nii/images'

    # 处理gt
    target = 'frame01_gt.nii'
    output_path = 'ACDC_nii/labels'

    for patient in os.listdir(input_path):
        # ACDC_challenge_20170617/training/patient001
        patient_path = join(input_path, patient)
        for niigz in os.listdir(patient_path):
            if target in niigz:
                niigzpath = join(patient_path, niigz)
                new_nii_path = join(output_path, niigz)
                shutil.copy(niigzpath, new_nii_path)


# niigz2nii()
def convert_nii_to_jpg():
    '''
    将ACDC_nii/images中的nii转到VOCjpg中
    :return:
    '''
    image_num = 0
    nii_path = "./ACDC_nii/images"
    output_dir = "./VOCdevkit/VOC2007/JPEGImages"
    for patient in os.listdir(nii_path):
        patient_path = join(nii_path, patient)
        for one in os.listdir(patient_path):
            one_patient_nii_path = join(patient_path, one)
            # 加载 .nii 文件
            nii_img = nib.load(one_patient_nii_path)
            data = nii_img.get_fdata()
            # 遍历数据的每个切片，并保存为 .png 文件
            for i in range(data.shape[2]):
                image_num += 1
                # 获取当前切片数据
                slice_data = data[:, :, i]
                # 创建输出文件路径
                num = f"{image_num}".zfill(6)
                output_path = os.path.join(output_dir, f'{patient}_{num}.jpg')
                # 以灰度图像格式保存切片数据为 .png 文件
                plt.imsave(output_path, slice_data, cmap='gray')


# convert_nii_to_jpg()

def convert_nii_to_png():
    '''
    将ACDC_nii/labels中的nii转到ACDC_nii/tmp_png_label中
    此时的像素是原label 中的像素，不是网络中的分类像素，还需要一部转换
    :return:
    '''
    image_num = 0
    nii_path = "./ACDC_nii/labels"
    output_dir = "./tmp"
    for patient in os.listdir(nii_path):
        patient_path = join(nii_path, patient)
        for one in os.listdir(patient_path):
            one_patient_nii_path = join(patient_path, one)
            # 加载 .nii 文件
            nii_img = nib.load(one_patient_nii_path)
            data = nii_img.get_fdata()
            # 遍历数据的每个切片，并保存为 .png 文件
            for i in range(data.shape[2]):
                image_num += 1
                # 获取当前切片数据
                slice_data = data[:, :, i]
                # 创建输出文件路径
                num = f"{image_num}".zfill(6)
                output_path = os.path.join(output_dir, f'{patient}_{num}.png')
                # 以灰度图像格式保存切片数据为 .png 文件
                plt.imsave(output_path, slice_data, cmap='gray')

from PIL import Image


def turnto255():
    from PIL import Image
    from PIL import Image
    for i in os.listdir("tmp"):
        output_path = os.path.join("./tmp1", i)
        png_path = join("tmp", i)
        # 读取图像
        image = plt.imread(png_path)

        # 取三个通道的平均值
        im_gray = np.mean(image, axis=2)
        im_gray = Image.fromarray((im_gray * 255).astype(np.uint8)).convert("L")
        # 保存输出图像
        im_gray.save(output_path)


def rename():
    """
    处理好的VOC2007 train和test名称不同，名称不对应不能训练
    转为对应的，之前的留作副本可以对应原图
    :return:
    """
    root = "VOCdevkit/VOC2007/SegmentationClass"
    for i in os.listdir(root):
        img_old_path = join(root, i)
        new_png_path = join(root, i[-10:])
        shutil.copy(img_old_path, new_png_path)


# rename()

def convert_Class():
Origin_SegmentationClass_path = "./tmp1"
Out_SegmentationClass_path = "./VOCdevkit/VOC2007/SegmentationClass"

# -----------------------------------------------------------------------------------#
#   Origin_Point_Value  原始标签对应的像素点值
#   Out_Point_Value     输出标签对应的像素点值
#                       Origin_Point_Value需要与Out_Point_Value一一对应。
#   举例如下，当：
#   Origin_Point_Value = np.array([0, 255])；Out_Point_Value = np.array([0, 1])
#   代表将原始标签中值为0的像素点，调整为0，将原始标签中值为255的像素点，调整为1。
#
#   示例中仅调整了两个像素点值，实际上可以更多个，如：
#   Origin_Point_Value = np.array([0, 128, 255])；Out_Point_Value = np.array([0, 1, 2])
#
#   也可以是数组（当标签值为RGB像素点时），如
#   Origin_Point_Value = np.array([[0, 0, 0], [1, 1, 1]])；Out_Point_Value = np.array([0, 1])
# -----------------------------------------------------------------------------------#
Origin_Point_Value = np.array([63, 127, 191, 255])
# Origin_Point_Value = np.array([0, 0.33333334, 0.6666667, 1])
Out_Point_Value = np.array([0, 1, 2, 3])

if not os.path.exists(Out_SegmentationClass_path):
    os.makedirs(Out_SegmentationClass_path)
png_names = os.listdir(Origin_SegmentationClass_path)
print("正在遍历全部标签。")
for png_name in tqdm(png_names):
    png = Image.open(os.path.join(Origin_SegmentationClass_path, png_name))
    w, h = png.size

    png = np.array(png)
    out_png = np.zeros([h, w])
    for i in range(len(Origin_Point_Value)):
        mask = png[:, :] == Origin_Point_Value[i]
        if len(np.shape(mask)) > 2:
            mask = mask.all(-1)
        out_png[mask] = Out_Point_Value[i]
    x=np.array(out_png, np.uint8)
    out_png = Image.fromarray(np.array(out_png, np.uint8))
    out_png.save(os.path.join(Out_SegmentationClass_path, png_name))

6️⃣ 划分测试集和训练集

python 复制代码 
import os
import random

import numpy as np
from PIL import Image
from tqdm import tqdm

#   修改train_percent用于改变验证集的比例 9:1
trainval_percent    = 1
train_percent       = 0.9
#-------------------------------------------------------#
#   指向VOC数据集所在的文件夹
#   默认指向根目录下的VOC数据集
#-------------------------------------------------------#
VOCdevkit_path      = 'VOCdevkit'

if __name__ == "__main__":
    random.seed(0)
    print("Generate txt in ImageSets.")
    segfilepath     = os.path.join(VOCdevkit_path, 'VOC2007/SegmentationClass')
    saveBasePath    = os.path.join(VOCdevkit_path, 'VOC2007/ImageSets/Segmentation')
    
    temp_seg = os.listdir(segfilepath)
    total_seg = []
    for seg in temp_seg:
        if seg.endswith(".png"):
            total_seg.append(seg)

    num     = len(total_seg)  
    list    = range(num)  
    tv      = int(num*trainval_percent)  
    tr      = int(tv*train_percent)  
    trainval= random.sample(list,tv)  
    train   = random.sample(trainval,tr)  
    
    print("train and val size",tv)
    print("traub suze",tr)
    ftrainval   = open(os.path.join(saveBasePath,'trainval.txt'), 'w')  
    ftest       = open(os.path.join(saveBasePath,'test.txt'), 'w')  
    ftrain      = open(os.path.join(saveBasePath,'train.txt'), 'w')  
    fval        = open(os.path.join(saveBasePath,'val.txt'), 'w')  
    
    for i in list:  
        name = total_seg[i][:-4]+'\n'  
        if i in trainval:  
            ftrainval.write(name)  
            if i in train:  
                ftrain.write(name)  
            else:  
                fval.write(name)  
        else:  
            ftest.write(name)  
    
    ftrainval.close()  
    ftrain.close()  
    fval.close()  
    ftest.close()

成功划分

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