福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)是一种常用的组织保存方法,主要用于病理学研究和诊断。在基于FFPE样本的分子病理学检测中,由于组织样本在经过固定和石蜡包埋处理过程中可能会导致DNA发生交联、断裂和降解等问题,进而给FFPE样本的DNA提取带来一定难度。
磁珠法FFPE DNA提取试剂盒通过磁珠与核酸的特异性结合,可以在较短时间内从FFPE组织中提取到高质量的DNA,提高了实验的效率。StarPure石蜡包埋样本DNA提取试剂盒更是在传统磁珠法核酸提取产品基础上,基于FFPE样本的特性,采用独特优化的配方体系,在脱蜡及DNA提取过程中减少DNA的二次损伤,高效结合并回收各个片段长度的DNA分子。得到的DNA产量高、纯度好,可直接用于酶切、PCR、高通量测序等敏感的分子生物学实验。
产品优势
- 高载量与高提取效率,确保过程的高效性和结果的可靠性;
- 更少的抑制剂残留,提取产物纯度高;
- 无毒脱蜡,环保又安全;
- 广泛适用于多种应用,如PCR、qPCR、NGS等;
- 操作便捷,既适合手工提取,又可匹配自动化工作站高通量提取。
实验数据
一、DNA得率高、纯度好
********Fig1 产物得率与纯度的对比分析
A:九个不同的FFPE样本,5μm*6片/管,洗脱体积50μL,结果显示启衡星产品的提取量及纯度均好于竞品。
B:三个不同的FFPE样本,5μm*6片/管,洗脱体积50μL,结果显示启衡星产品的提取率及纯度更加优异。
二、更少的抑制剂残留,qPCR定量Ct值更小,定量结果更准确
Fig 2提取产物的qPCR结果比较
三个不同的FFPE样本,5μm*5片/管,提取DNA产物稀释至3 ng/μL,用基因EAR-2引物进行qPCR定量,结果显示启衡星试剂盒提取的产物Ct值均低于竞品。
Fig 3启衡星FFPE DNA提取试剂盒提取产物的qPCR结果展示
用StarPure石蜡包埋样本DNA提取试剂盒提取FFPE样本DNA,Nanodrop定量浓度457 ng/μL(260/280=1.90;260/230=2.05)进行梯度稀释后,用Starlighter SYBR Green qPCR Mix(Universal)对Actin基因进行qPCR定量,input量log值与Ct值之间具有良好的线性。
三、提取的DNA质量高,PCR产量高
Table 1 临床样本提取数据结果展示
以StarPure石蜡包埋样本DNA提取试剂盒提取的临床FFPE样本DNA(通过Nanodrop进行定量)作为模板,以全血提取基因组DNA作为对照,同样的模板投入量(1 ng),分别经过23和24个循环的PCR扩增,通过Qubit检测产物量,结果显示不同样本间及样本与对照间均无明显差异。
备注:上述实验中若涉及不同品牌的试剂盒,均按照对应试剂盒的说明书进行规范化操作。