ubuntu20安装lammps

1、先随便创建一个放lammps、fftw、mpich的文件夹用来上传文件

1.1安装插件

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sudo apt-get install gcc g++ gfortran make vim -y

2、分别解压三个压缩包

3、安装fftw

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cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/usr/local --enable-float


make  		                #-j意为调用编译无核数限制
sudo make install                       #安装
cd ..					#返回上一级目录

4、mpich

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cd mpich-3.3.2

./configure --prefix=/usr/local

make 
sudo make install

#返回上一级目录
cd ..

5、安装lammps

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cd lammps-12Mar18/src
sudo make mpi

make package-status

尝试安装包。

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make yes-MANYBODY
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
make yes-MISC

#重新生成lmp_mpi文件（非常重要）激活package之后一定要重新 make mpi 否则package还是没法用。
sudo make mpi

6、测试

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/usr/local/bin/mpirun -n 2 /home/xiaoming/tools/lammps-22Mar16/src/lmp_mpi < in.deposit.atom

7、为了简化运行命令，可以修改环境变量

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export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/xiaoming/tools/lammps-22Mar16/src:$PATH

source ~/.bashrc

8、再次测试，依然可以运行

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mpirun -n 2 lmp_mpi < in.deposit.atom

9、安装vmd

1、上传软件安装包、解压、进入

2、打开配置文件

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sudo vim configure

#根据自己的电脑情况命名

$install_bin_dir="/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/bin";

$install_library_dir="/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/lib/$install_name";

3、编译安装

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# 3、开始安装
./configure LINUXAMD64

cd src
make install
 
# 输出如下，说明安装成功
# echo "VMD installation complete.  Enjoy!"
# VMD installation complete.  Enjoy!

4、配置环境变量

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export PATH=/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/bin:$PATH

======================可视化部分======================

执行的命令

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 mpiexec -n 4 lmp_mpi < in.shear

执行的位置

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~/tools/lammps-22Mar16/examples/shear