【案例教程】HMSC联合物种分布模型在群落生态学中的贝叶斯统计分析

夯实基础:专题1:R/Rstudio简介及入门

1) R及Rstudio介绍:背景、软件及程序包安装、基本设置等

2) R语言基本操作,包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等

3) R语言数据文件读取、整理(清洗)、结果存储等(含tidverse

4) R语言基础绘图(含ggplot):基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储

专题2:群落生态学及数据统计分析概述

1) 群落生态学发展和研究趋势简介

2) 群落形成机制及物种装配规则(Species Assemble Rules)

3) 群落生态数据类型、特点及准备

4) 群落生态数据与群落生态学主要科学问题关联

专题3:联合物种分布模型Hmsc及群落数据贝叶斯统计

1) 联合物种分布模型Hmsc贝叶斯统计简介

2) 联合物种分布模型Hmsc参数估计MCMC

3) 联合物种分布模型Hmsc参数及对应群落生态假说

专题4:单物种(物种水平)/单变量Hmsc贝叶斯统计

1)Hmsc程序包基本语法、参数选择、固定效应和随机效应设置、模型诊断等

2)Hmsc单变量贝叶斯估计VS 单变量brms包贝叶斯估计异同

3)Hmsc物种属性数据单变量贝叶斯估计案例

4)Hmsc物种有无(0,1)数据单变量贝叶斯估计案例

5)Hmsc计数数据(多度)单变量贝叶斯估计案例(泊松分布、过度离散、零膨胀等)

6)Hmsc混合效应模型:固定效应+混合效应+空间自相关

专题5:多物种(群落水平)Hmsc贝叶斯统计模型

1)Hmsc多物种(群落水平)贝叶斯统计模型构建介绍

2)Hmsc低维多物种联合分布模型构建

(1)模型构建、物种分布设置

(2)解释变量引入(环境筛)

(3)物种关联关系确定(生物筛)

(4)模型诊断及性能评估

3)Hmsc高维多物种联合分布模型构建

(1)模型构建、物种分布设置

(2)物种性状、系统发育信息及环境变量引入

(3)模型诊断及性能评估

(4)模型调整(先验分布、解释变量等)、拟合和重评估

(5)结果展示,包括参数热图、种间关联、变差分解(Variation Partitioning)及排序(潜变量)等

专题6:Hmsc包群落生态数据分析高阶应用经典案例

1)Hmsc包开展群落数据联合物种分布模型分析通用流程(Pipelines)

2)Hmsc分析物种属性与环境关系案例

3)Hmsc分析响应变量为不同分布类型案例

4)Hmsc空间数据分析案例

5)Hmsc时间数据分析案例

6)Hmsc模型中环境变量、物种属性、系统发育、数据分层设置综合案例