Amber分子动力学模拟10: 蛋白-核酸复合物模拟操作摘要：本文系统梳理 Amber 分子动力学模拟蛋白-核酸复合物（蛋白质-DNA / 蛋白质-RNA）的完整流程：从 PDB 结构与 pdb4amber 预处理入手，重点说明 ff19SB + OL15/OL21/OL3 + OPC + JC 离子的力场组合；随后演示 tleap 两段式 combine 构建体系的完整命令；接着给出强约束最小化、分段升温、弱约束平衡与生产模拟的可复用输入文件，并总结 pmemd 运行时的常见坑；最后以 cpptraj 实战为验收核心，介绍 nastruct 螺旋参数、糖环