Squidiff：基于条件扩散模型预测细胞发育与扰动响应单细胞RNA测序可以捕获细胞在特定时刻的转录组快照，但受实验成本、技术限制，很难完整观测细胞连续发育、药物/基因扰动后的动态变化。传统扰动预测模型（scGen、GEARS、CellOT）大多基于VAE、最优传输、图神经网络，在重建连续中间瞬态细胞状态、建模非线性协同扰动效应上存在短板。Squidiff发表于Nature Methods，是一套基于DDIM（去噪扩散隐式模型）的单细胞条件扩散生成框架。通过语义编码器提取生物学隐表示，结合扩散模型强大的分布拟合能力，实现细胞分化、基因敲除、药物刺激、物理辐射等