fastspar微生物相关性推断fastspar是基于Sparcc通过C编写的,速度更快,内存消耗更少。sparcc是基于OTU的原始count数,通过log转换和标准化去除传统相对丰度的天然负相关(因为所有OTU之和为1,某些OTU丰度高另外一些自然就少,导致最后出现正相关少负相关多的假象)。 FastSpar是SparCC算法的C++实现,比原来的Python2版本快几千倍,并且使用的内存少得多。FastSpar的实现提供了线程支持和一个P值估计器,该估计器考虑了重复数据排列的可能性(进一步的细节见本文)。