gromacs

hui-梦苑20 天前
缓存·性能优化·多线程·gromacs·动力学模拟
[Gromacs]核心性能梯度测试:GROMACS 多线程性能调优实验笔者在进行Gromacs动力学模拟时发现,当我们将线程数设置成最大CPU线程数时,性能反而不如减少25%线程时候性能高,大概率是线程过高通信开销过大,因此设计了这个实验来验证笔者的想法与寻找最优线程数。分子动力学(MD)模拟中,我们需要设置并行线程数对计算效率非常重要。我们实验在一台配备 AMD Threadripper PRO 5945WX(12 物理核心,24 逻辑核心)和 NVIDIA RTX 4090 GPU 的工作站上,测试了 GROMACS 2024.6 在不同 OpenMP 线程数(10~2
CAE3201 个月前
分子动力学·gromacs·抗菌肽
CM15抗菌肽与细菌模型膜GROMACS-MD模拟Zaeifi D. et al. | Iran. J. Biotechnol. 2023, 21(2): e3344 | GROMACS + CHARMM36
CAE3201 年前
分子动力学·gromacs·lammps·竞争吸附·页岩油·气体
基于LAMMPS实现页岩纳米孔多组分气体和页岩油的竞争吸附关键词:分子动力学,吸附,竞争吸附,CH4/CO2/H2,页岩油,LAMMPS,GROMACS摘要:MS软件可视化程度高,操作简便,但是速度慢,效率低。为此,我们使用LAMMPS/GROMACS软件进行气体和页岩油吸附,竞争吸附的研究。我们基于LAMMPS/GROMACS研究不同页岩孔隙(石英,蒙脱石,伊利石,高岭石,方解石,石墨烯,真实干酪根)中气体(CO2,CH4,H2,N2等)和 页岩油(NC6,NC8,NC12等)的吸附和竞争吸附行为,涉及到不同壁面类型,不同宽度,不同油气类型,不同摩尔比例,不同
病树前头3 年前
学习·gromacs
gromacs学习及使用(1)1.Gromacs的使用 2.Gromacs 的第一步_能量最小化 3.分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤(空蛋白) 4.GROMACS优化(没看懂) 5.GROMACS快速入门(有好东西) GROMACS中文教程
我是有底线的