seurat

daomingwu0178 天前
seurat·rstudio
seurat4.3.0安装之前是R4.4.0和seurat5.4.0,跑数据的时候用到一个: library(scCustomize) scRNA <- Convert_Assay(scRNAect = scRNA, convert_to = "V3") 之后就跑不动了,我越来越迷茫不知道自己在干啥,经过一整天的报错→问AI→再报错→再问AI....... 最后和大模型吵起来了,小白活该被刷的团团转呗😭 请教了师兄,帮我调了一个小时也是说无解。给我的解决方案是: 再安装一个R4.2.3。然后在现在这个R4.4.2中使用Seura
蜡笔小新..1 年前
python·seurat·scanpy
ScanPy - Preprocessing and clustering 3k PBMCs (legacy workflow)工作复现话不多说先上官网:由于之前已经对Seurat中的10x Genomics数据集的教程进行了复现,所以这篇文档只是参考官方教程来进行撰写的,会加入自己的理解以及教程中没有涉及到的扩展的内容,本文的代码会使用大模型来添加注释,每段代码都会加注释方便学习和理解。
蜡笔小新..1 年前
数据库·学习·r语言-4.2.1·seurat
Seurat - Guided Clustering Tutorial官方文档学习及复现由于本人没有使用过Seurat4.0,而是直接使用的最新版。所以本文都是基于Seurat5.2.0(截止2025/3/6)来进行撰写。
Young.Dr2 年前
seurat
VlnPlot画的其实不是原始数据昨天的推文描述了让小提琴图肚子变大的做法:让你的小提琴肚子大起来‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍在此说明:这种不考虑后果,就让肚子大起来的做法是不严谨的。如需使用,建议将原始图和修改图放在一起对比,且在文章中注明。因为我们去掉0之后就改变了本身的数据分布
我是有底线的