clustering

穆易青5 个月前
机器学习·数据挖掘·聚类·clustering·genefiltering
2025.03.26【基因数据解析】| BackSPIN：高效基因聚类与过滤工具详解在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的分析中，BackSPIN（Backward SPIN）是一个创新的双向双聚类算法。该算法的核心思想是在聚类细胞的同时，将高表达基因聚集在一起，从而揭示细胞亚群和基因表达模式之间的复杂关系。BackSPIN通过计算每次分裂后每个簇中的平均基因表达量，并将每个基因分配到表达量最高的簇中，有效地识别出细胞亚群特异性的Marker基因。这种方法不仅提高了聚类的准确性，还为后续的生物学解释和实验验证提供了重要线索。BackSPIN的算法设计巧妙地结合了聚类分析和基因表达
穆易青6 个月前
机器学习·数据挖掘·聚类·clustering·genenetworks·visualisation
2025.03.21【基因分析】| SCENIC：基因网络聚类与可视化工具详解在生物信息学领域，单细胞RNA-seq技术已经成为研究细胞异质性和复杂生物学过程的强大工具。SCENIC（Single-Cell ENrichment of Inferred Cellular states）正是在这样的背景下应运而生，它专门设计用于识别和分析与特定基因集或调控网络相关的细胞状态。通过结合基因表达数据和已知的基因调控网络，SCENIC能够推断出细胞的调控状态，这对于理解复杂的生物学过程和疾病机制至关重要。
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