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基因注释

问组生物
21 天前
数据分析·数据可视化·生信分析·科研绘图·测序·基因注释·rna-seq
测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本?导读:在做RNA-seq等测序分析时,通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件,它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告,令人惊讶的是,在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有,甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例,比较了不同版本GTF所包含的基因情况,以帮助大家更好地理解基因注释的变化。
kukuwawu
1 年前
经验分享·笔记·学习·bash·基因注释
基因组注释笔记——GeneMark-ES/ET的使用GeneMark-ES/ET 是一种用于基因预测的计算工具,主要用于从头(ab initio)预测基因结构。 (1)GeneMark-ES(Extrinsic Signal): 功能:主要用于从头预测基因结构,不依赖于外部注释信息(如已知基因或蛋白质序列)。 特点:通过分析基因组序列的统计特性(如密码子偏好、基因结构模式等)来预测基因。 适用场景:适用于新测序的基因组,尤其是那些缺乏已知注释信息的基因组。 (2)GeneMark-ET(Extrinsic Training): 功能:结合外部注释信息(如已
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