1.在新环境或者创建好的环境中安装rpy2
bash
activate new_ev
conda install rpy2
2.安装R语言
在R语言官网中下载,https://www.r-project.org/
具体安装R语言可看安装R语言
3.R语言和rpy2安装后,配置环境变量
-
path中添加R语言的安装位置
一定要在系统变量中添加,避免不必要的麻烦
-
新建R_HOME和R_USER环境变量
R_HOME是R语言的安装地址
R_USER是rpy2的安装地址
如果配置好环境变量后,pycharm仍提示R_HOME未找到
R_HOME must be set in the environment or Registry
,关闭Pycharm,重新打开Pycharm。如果提示
OSError: cannot load library 'D:\Program Files\R\R-4.0.3\bin\x64\R.dll': error 0x7e
,说明R_HOME的环境变量位置不对。重新配置环境变量,再重新打开Pycharm。
4.使用python打开.rds文件
python
import rpy2.robjects as robjects
path = './data_to_anan/dataset1/test.rds'
readRDS = robjects.r['readRDS']
file = readRDS(path)
colnames = robjects.r['colnames']
print(file)
print(colnames(file))
path = './data_to_anan/dataset1/test.rds' 加载你本地文件的地址