MES系统作为操作执行层可以缩短排产周期，解决紧急插单问题；通过计划、采集、管控等功能来改进生产执行；与实际生产即时接轨车间时间驱动上层的商务活动。
MES系统包含基础数据、物料和工艺管理、生产过程管理、APS排产、人员管理、设备与工具管理、报表管理、过程控制、质量管理、看板管理、数据采集和控制、产品追溯等功能模块。首先是基础信息管理，主要定义各工厂的基础信息配置，比如机加工用到的各种加工工序、各工位工作站、表面处理类型等数据，另外还可以配置物料类型等基础信息。
工厂机加工工艺管理的主要难点有产品配件多，产品多型号小批量；加工跟踪难度大，进度流转主要靠纸质工艺卡；加工工序众多，各产品差异大等。针对这些问题，在MES的工艺管理中设计了较为灵活的工艺卡模型和工艺管理流程。设计部门在针对产品零部件设计完成后统一导入到系统中，系统自动识别存储。导入完成后系统通知工艺部门人员进行工艺工序的编写。工艺部根据设计图纸，编写生产需要经过的各道工序，并详细写明工序的加工内容和预估的加工工时（分钟为单位）。工艺编写完成可选择打印工艺卡，然后下发到车间进行生产。工人上工后扫工艺条码，表明开始此零件的加工，系统自动记录该道工序在该工位上的加工时间和人员，并及时修改状态。每道工序按照工艺卡中的顺序来依次加工，车间管理者可以在系统中清楚看到每个零部件的加工过程列表，通过不同颜色标注不同的加工状态。加工完成的零件需要进入到质检环节，质检时需要质检员对零件的外观、尺寸等进行检验，检验不合格需要进行返修或者直接报废。在系统中首先需要维护质检项和不良项，质检员在质检过程中通过一体机进行对应项的选择。质检完成后系统根据一体机中的反馈数据，生成质检检测记录，会将质检人员、质检结果、不良项等数据进行保存。后续可以根据不良项进行质量分析，为提升加工质量提供依据。
然后是仓储管理，在立库旁边设有智能一体机，通过一体机来控制堆垛机和立库的存取，并可直观显示每个库位的当前状况。物料在来料检验通过并打印批次条码后可以入库，入库时绑定库位与物料批次编码，记录物料对应的物料编码、批次、供应商、时间等信息。物料出库、移库时实时更新库存，物料存量低于阈值时报警。在管理端页面，可以以物料为维度或者以库位为维度查看仓储情况。物料在出入库时系统记录出入库的详细信息，如库位、数量、规格、日期等信息。
之后是报表分析，系统提供多种生产状况的统计分析报表以及分析图形，根据工单生产情况可按时间、产线等生成产量报表。另外系统可以根据生产加工时的预估生产时间和实际生产时间，经过OEE分析后生成每个工作站的OEE数值，为工人的绩效考核提供数据支持。
MES系统采用三层（多层）应用设计模式，对象组件开发技术，支持高性能、结构标准、易于扩展。支持多种事务管理方式，缓冲池、连接池等技术，在通讯、服务调度、均衡负载等方面提供完全支持。同时支持生产组装线和离散工位生产方式。通过抽象不同的操作加工单元，来满足不同的业务场景下的业务功能，实现支持以用户订单为基础的柔性化生产体系和多种车型任意顺序的混流自动化、智能化生产。