TMStarget学习——T1 Segmentation数据处理及解bug

最新学习季公俊老师的神器 TMStarget 的第一个模块基于结构像的靶区计算T1 segmentation。下面上步骤:
(1)在github 上下载 TMStarget

https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation

(2)按照要求下载依赖工具软件AFQ、vistasoft、SPM12

(3)在Matlab 设置路径处安装SPM12、AFQ、vistasoft和TMStarget
(4)在Matlab命令窗口中输入TMStarget 启动

##T1 Segmentation

一种基于T1结构像分割的个体靶区计算功能。
1)基于页面toolbox中的的sphereROI 制作MNI空间的靶区小球



2)启动T1 Segmentation功能



3)Run 以后,软件输出分割的颅脑、个体上的靶区文件


小结:

核心处理步骤:

->制作MNI空间靶区小球;

->对个体T1核磁数据分割出大脑;

->将MNI大脑配准到个体大脑上并得到变换参数;

->基于变换参数将MNI靶区变换到个体空间。

(5)运行中的bug
1) 报 ListSubj 函数不识别

把如下路径的2个文件copy到其父级目录,使得该两个文件与 TMStarget.m在相同路径下

2)报索引超出目录,总之就是路径下没有找到文件,长度也不对

需要查看TMStargetT1.m文件中遍历数据格式的

从上面可以知道,我们的T1Img文件夹中的原始数据是nii或者nii.gz格式。所以如上代码文件中的语句需要做对应性修改。

3)索引超出数组元素数目

相关推荐
05664620 分钟前
Python康复训练——控制流与函数
开发语言·python·学习
早睡早起身体好1232 小时前
为什么 Network 中会出现两个同名请求?——CORS 预检请求学习笔记
网络·笔记·学习·网络安全
菩提树下的打坐2 小时前
测试左移的更深一层:用 DDD 战术设计反推测试边界
学习
casual~3 小时前
模逆元计算方法详解:扩展欧几里得算法与费马小定理
学习·算法·逆元
@Mike@3 小时前
06-数据库学习笔记(存储模型与数据压缩)
数据库·笔记·学习
我的xiaodoujiao4 小时前
快速学习Python基础知识详细图文教程14--模块
开发语言·python·学习·测试工具
wdfk_prog4 小时前
嵌入式面试真题学习笔记系列
笔记·学习·面试
懿路向前4 小时前
【HarmonyOS学习笔记】2026-07-30 | 小艺开放平台智能体接入实战
笔记·学习·harmonyos
吃好睡好便好4 小时前
MATLAB中图像的线性变换
开发语言·图像处理·学习·计算机视觉·matlab
YUS云生5 小时前
大模型学习·第41天:LangChain进阶——提示词模板与Chain链式调用
学习·langchain·c#