TMStarget学习——T1 Segmentation数据处理及解bug

最新学习季公俊老师的神器 TMStarget 的第一个模块基于结构像的靶区计算T1 segmentation。下面上步骤:
(1)在github 上下载 TMStarget

https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation

(2)按照要求下载依赖工具软件AFQ、vistasoft、SPM12

(3)在Matlab 设置路径处安装SPM12、AFQ、vistasoft和TMStarget
(4)在Matlab命令窗口中输入TMStarget 启动

##T1 Segmentation

一种基于T1结构像分割的个体靶区计算功能。
1)基于页面toolbox中的的sphereROI 制作MNI空间的靶区小球



2)启动T1 Segmentation功能



3)Run 以后,软件输出分割的颅脑、个体上的靶区文件


小结:

核心处理步骤:

->制作MNI空间靶区小球;

->对个体T1核磁数据分割出大脑;

->将MNI大脑配准到个体大脑上并得到变换参数;

->基于变换参数将MNI靶区变换到个体空间。

(5)运行中的bug
1) 报 ListSubj 函数不识别

把如下路径的2个文件copy到其父级目录,使得该两个文件与 TMStarget.m在相同路径下

2)报索引超出目录,总之就是路径下没有找到文件,长度也不对

需要查看TMStargetT1.m文件中遍历数据格式的

从上面可以知道,我们的T1Img文件夹中的原始数据是nii或者nii.gz格式。所以如上代码文件中的语句需要做对应性修改。

3)索引超出数组元素数目

相关推荐
MartinYeung51 小时前
[论文学习]大语言模型安全综述:攻击、防御、对齐、度量与护栏的深度解析
学习·安全·语言模型
AOwhisky2 小时前
Python 学习笔记(第三期)——流程控制:条件判断与循环结构
运维·笔记·python·学习·云原生·流程控制·循环
心中有国也有家2 小时前
AtomGit Flutter 鸿蒙客户端:白噪音场景的视觉设计
学习·flutter·华为·harmonyos
心中有国也有家3 小时前
AtomGit Flutter 鸿蒙客户端:呼吸练习的完整生命周期
学习·flutter·华为·harmonyos
Zeeland3 小时前
构建护城河:自学习 Agent
学习
尼米棕熊3 小时前
大模型学习8上-推理部署框架llama.cpp与Ollama使用指北
学习·llama
brave_zhao3 小时前
nginx的进程架构
java·学习·nginx
枫零NET3 小时前
跟着OpenCode学习Pi Coding Agent-05-Agent的类型系统
人工智能·学习
Day(AKA Elin)3 小时前
【Day】MTP(Multi Token Prediction)技术学习
python·深度学习·学习·llama
Waay3 小时前
Linux 三个核心环境变量配置文件、作用域、生效方式完整梳理
linux·运维·学习·云原生·容器