一、政策依据不同
高新技术企业认定管理办法是为扶持和鼓励高新技术企业的发展，根据《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》，知识产权战略发展规划、中国加入国际组织（WTO）等一系列政策的指引与配套政策出台下诞生，主要是规划、引导企业的生产、科研、日常制度等规范化，符合相关战略思路。
软件企业认定管理办法是关于贯彻国务院鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策实施意见，进一步推动本市软件产业和集成电路产业的发展，结合本市实际情况，制定的相关政策。
软件产业是知识经济时代的主导产业，对推动经济发展具有极其重要的战略意义。运用市场机制，优化资源配置，鼓励自主创新，通过在政策、资金上予以特别支持，推动软件产业的跨越式发展，保持软件产业在全国的先地位，并尽快达到或接近国际先进水平。
二、审批部门不同
高新技术企业认定由各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门联合评审。双软评估由软件协会负责评审。
三、所得税优惠不同
高新企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税由原来的25%降低为15%。企业必须每年在税务局做高新技术企业备案，通过后，才可以享有到政策优惠。
软件企业认定，在税务局备案后，自获利年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第2年至第5年减半征收企业所得税。享有完5年优惠后，不会再享有任何企业所得税政策优惠(包含高新企业政策优惠)，企业所得税按照25%征收。
四、有效期&年审不同
高新技术企业有限期为3年，3年复审，第6年再次认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关要求报统计和科委备案，另外在地方企业所得税减免所办理减免备案。
软件企业实行每年年检，按照软件企业管理办法要求的指标和资料，给予相关资料，每年的6月份之前办理软件企业年检，倘若通过了，可以享有上个年度的企业所得税减免，要是没有通过，无法享有企业所得税减免。