本文基于 xcode12.4 版本做说明
首先要明确一点，导航栏这里展示的并不是当前工程在电脑硬盘中的文件结构，它展示的是xxxxxx.xcodeproj/project.pbxproj文件(后文简.pbxproj文件)中的内容。我们在导航栏中的操作就是修改该文件，有些操作会修改原有的磁盘文件结构(新增/删除 文件等)。
导航栏中的文件夹图标有三种，分别是：
蓝色的文件夹图标
这种代表导航栏中的该文件夹是对磁盘上某个文件夹的引用，文件夹展开后，内容与磁盘上的文件结构一致。
在【该目录下】，不管是在导航栏中还是在直接在磁盘上增/删，都会同步到另外一边。而对【该目录本身】右键删除时可以选择，会弹出提示框：
- 选择"remove Refrences"，会将该文件从项目(.pbxproj文件)中移除，但是不会删除磁盘中的文件
- 选择"move to Trash",会将该文件从项目(.pbxproj文件)中移除，并且将磁盘中的文件移动到废纸篓
如何添加：导航栏里右键 "add files to xxxxxx" 选项，会弹出一个对话框，勾选"create folder references"，然后选择要添加的文件夹
PS:勾选 "copy items if needed" 选项后，当选择的文件夹不在项目目录下时，会将该文件夹复制过来。这个看需求，如果接入sdk，建议勾选该选项；如果只是想方便在xcode浏览工程目录外的项目其他文件不要勾选。
黄色文件夹图标（两种）
这种颜色代表的是 .pbxproj文件中的一个组(group)
先说普通的
，这种组(group)对应着磁盘上的某个文件夹，这种组(group)是将选择的磁盘上的文件夹的目录结构遍历并记录在项目(.pbxproj文件)中，它与上边的蓝色文件夹非常类似，新增/移动文件都会操作对应磁盘文件，但该目录并不保证完全显示磁盘上对应目录的所有文件：
- 【该目录下】的删除操作均也会弹出"remove Refrences"/"move to Trash"的选项，即可能出现某个文件在这里不显示但是还在磁盘上
- 如果在磁盘上删除了某个文件/文件夹，但是项目(.pbxproj文件)中仍然保存了它的信息， 这种情况下在导航栏中该条目就会被标为红色
这种有两个方式添加，右键 "new group";或者右键 "add files to xxxxxx" 选项，会弹出一个对话框勾选"create group"，然后选择要添加的文件夹：
接下来是带脚标的黄色文件夹图标
，就是这种就是纯粹逻辑上的组(group)了，主要是为了组织导航栏中的层次结构, 磁盘上不会存在与之对应的文件夹，新建/移动到该组下的文件默认置于工程的根目录下， 可以通过 "new group without folder" 创建。