成功在 Conda Python 2.7 环境中安装 Clipper（eCLIP peak caller）

🔬 成功在 Conda Python 2.7 环境中安装 Clipper（eCLIP peak caller）

本文记录了如何在无 root 权限下使用 Conda 环境，解决依赖、构建扩展模块并成功安装运行 clipper 的详细流程。适用于再现 eCLIP 分析流程时遇到 clipper 安装失败的情况。

🧱 环境准备

✅ 创建 Python 2.7 环境

bash 复制代码

conda create -n clipper_py27 python=2.7
conda activate clipper_py27

📦 安装依赖

✅ 安装 GCC 编译器（适用于无 root 的 Conda 环境）

bash 复制代码

conda install -c conda-forge gcc_linux-64=7 gxx_linux-64=7

✅ 安装编译依赖

bash 复制代码

conda install cython numpy pysam pybedtools

有些模块的最新版本不支持 Python 2.7，请手动指定版本：

bash 复制代码

conda install "numpy<=1.16" "pysam<=0.15.3" "pybedtools<=0.8.1" -c bioconda -c conda-forge

⏬ 下载 clipper 源码并切换到历史兼容版本

bash 复制代码

git clone https://github.com/YeoLab/clipper.git
cd clipper
git checkout 5d865bb17b2bc6787b4c382bc857119ae917ad59

这个版本兼容 Python 2.7，且没有使用过高版本的 scikit-learn, matplotlib, scipy 等依赖。

⚒️ 编译 Cython 和 C++ 模块

Clipper 依赖两个扩展模块：readsToWiggle 和 peaks，需要先构建：

bash 复制代码

python setup.py build_ext --inplace

如果遇到 crypt.h: No such file or directory 错误，需安装 libxcrypt-dev（若无 sudo 权限，可联系管理员，或在支持的 HPC 环境中使用系统模块加载）。

🛠 安装 clipper 到 Conda 环境中（避免 egg）

为避免 .egg 导入失败，使用标准方式安装：

其中setup中一些依赖包的版本应该如下：

bash 复制代码

##setup.py
install_requires = ['setuptools', 
                        'pysam >= 0.15.3',
                        'numpy <= 1.16.6 ',
                        'scipy<=1.2.1',
                        'matplotlib<=2.2.5',
                        'pybedtools <= 0.7.10',
                        'scikit-learn <=0.20.4',
                        'HTSeq<=0.6.1'
                        ],

bash 复制代码

python setup.py install --single-version-externally-managed --record record.txt

🧩 修复扩展模块无法找到的问题

有时安装完成后运行 clipper 仍报错：

复制代码

ImportError: No module named peaks

虽然 clipper/src/peaks.so 已编译成功，但 Python 可能无法找到它。解决方法如下：

✅ 手动创建模块路径并复制 `.so` 文件：

bash 复制代码

mkdir -p $CONDA_PREFIX/lib/python2.7/site-packages/clipper/src/
cp ./clipper/src/peaks.so $CONDA_PREFIX/lib/python2.7/site-packages/clipper/src/

确认成功导入：

bash 复制代码

python -c "import clipper.src.peaks; print(clipper.src.peaks)"

✅ 最终测试 clipper 是否可用

bash 复制代码

clipper --help

成功输出帮助信息：

复制代码

usage: clipper [-h] [-b BAM_FILE] [-s STRANDEDNESS] ...

🎉 至此，Clipper 已成功在 Python 2.7 Conda 环境中安装并可正常运行！

💡 小贴士

避免使用 setup.py install 安装为 .egg 格式，否则 Python 2.7 下容易出现 ImportError。
若你在服务器中没有 root 权限，建议提前准备 GCC 环境（如 gcc_linux-64），并避免使用 pip 安装依赖。
建议将 clipper 安装在 ~/eCLIP/bin/clipper 目录中并作为模块管理。

成功在 Conda Python 2.7 环境中安装 Clipper（eCLIP peak caller）