bulk RNA-Seq(8)富集分析

上一期我们讲了样本相关性分析的一些可视化,这一期我们来做差异分析的热图和火山图。 构建OrgDB

OrgDB是bioconductor中存储不同数据库基因ID之间的对应关系,以及基因与GO等注释的对应关系的R软件包。共有19个物种,可以在这里下载:Bioconductor - BiocViews

没有OrgDB的物种可以通过AnnotationForge自己构建使用eggnog-mapper的注释结果构建OrgDB(私聊我获取构建OrgDB脚本)

GO富集(已有OrgDB,拟南芥为例)

KEGG富集分析(不常见物种)

KEGG富集分析(常见物种,拟南芥)

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