结算是指根据支付机构与商户在合约中商定的周期和处理费率，对该周期内所有发生的支付请求进行总结性的计算。结算的结果要能反映出该商户在该周期内的备付金，当然还需要扣除相应的代理费、支付处理费和后续银行可能会收取的出款费用等。
清算是指银行或其他金融机构在某个指定的金融机构开设账户，然后定期进行机构之间长款和短款的割差过程。
清算是机构之间算清相互之间所欠款项的过程，其实质是解决机构间通过长款和短款相互割差平衡账户的过程。而结算仅限于支付服务提供商与所服务的商户之间，算清一个结算周期内的支付款项的过程，其实质是支付机构为商户代收、计算和转移应收账款的过程