重测序-Resequencing
定义：对基因组序列已知物种的个体:进行基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
变异检测-tree + PCA + structure-LD decay（LD衰减分析）-选择分析+GWAS-CNV（拷贝数变异检测）+GWAS-Fst+等位基因频谱
样本地理分布---变异检测---物种树 PCA-tree Structure---进化树 piFst D-statistic---（群体多态性）选择分析GWAS分析---GWAS （BSA分析）---渐渗分析 （进化树构建）
变异类型
Indel（一般10bp以下）
SV
SV-deletion
SV-inversion
SV-translocation
CNV
变异检测流程-二代
序列比对及处理
比对软件
比对算法
软件评估
去除重复
碱基质量矫正
变异检测
SNP calling
单样本和多样本检测流程
GATK pipeline
GATK-HaplotypeCaller
测序深度-二代
比对结果-sam格式
sam/bam格式说明
Flag说明
CIGAR string
VCF格式
VCF header
GVCF-Genomic Variant Call Format
ped格式
bed格式
