扩增子分析|基于R包ggClusterNet包进行生态网络分析—十种可视化布局包括igraph,Gephi和maptree用于微生物组网络分析的工具包括MENA、WGCNA、igraph、ggraph、SpiecEasi、Cytoscape、Gephi、NetworkX和SparCC等。每个工具在网络构建和可视化上各具优势,例如MENA基于随机矩阵理论,具备良好的抗噪性能;WGCNA构建无尺度加权基因网络;SpiecEasi结合数据转换与图形模型推理框架。一些工具如Cytoscape、Gephi和R包(igraph、ggraph)提供可视化功能,但存在操作繁琐、重复性差和美观性不足的问题。