打算配环境装 Signac,跑基因活性矩阵来着,图省事让 Gemini 给我生成 conda 配环境的命令。它建议我用 mamba,我想也没想,直接复制它的命令在终端开始安装。
结果装好后,base 环境也出问题了,所有环境都出问题了:
cpp
Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (/mnt/second19T/zengyp/software/miniconda3/lib/python3.12/lib-dynload/_sqlite3.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: sqlite3_deserialize)
给我急得。。
我又去问 Gemini
bash
conda config --set solver classic
conda install -c conda-forge sqlite --force-reinstall
bash
# 找到你的 conda 环境里的 sqlite 库路径
# 假设路径是下面的这个,请根据你的实际路径调整
export LD_PRELOAD=/mnt/second19T/xxx/software/miniconda3/envs/R4.4/lib/libsqlite3.so
bash
# 检查文件中是否有 solver: libmamba 这一行。如果有,将其修改为 solver: classic
# 如果没有这一行,请在文件末尾添加。保存并退出(Ctrl+O, Enter, Ctrl+X)。
nano /mnt/second19T/xxx/.condarc
export LD_PRELOAD=/mnt/second19T/xxx/software/miniconda3/lib/libsqlite3.so
# 然后再尝试运行配置命令
conda config --set solver classic
全都试了,无效
上网自己搜,又开始各种试
bash
conda install --solver=classic conda-forge::conda-libmamba-solver conda-forge::libmamba conda-forge::libmambapy conda-forge::libarchive
bash
conda update conda
conda update mamba
conda clean --all
conda uninstall conda-libmamba-solver
conda install conda-libmamba-solver
全都不行。。。我好绝望啊,难道要重装 conda 吗??可是我服务器上有好多环境啊。。T.T
求助 GPT,它给我支了一招:
bash
CONDA_SOLVER=classic conda update conda
管用,非常管用!!运行完了,输入 conda 命令,不报错!太好了!!有救了!!!