[Conda]环境激活钩子作用与应用

问题引入：

在研究Gromacs的数据分析时，需要用到gmxMMPBSA，需要在conda中创建环境，我在Linux中创建的环境，想要通过mobaXterm实现X11转发，将gmxMMPBSA的数据分析窗口从Linux转发到其他电脑进行分析，但是发现转发时候，找不到libxcb-cursor.so.0，经过解决发现这个库在conda环境中，终端识别到conda内部这个库的路径，因此我们需要引入环境变量，但是为了每次不需要手动引入，我尝试将环境变量引入到全局bashrc中

bash 复制代码

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/home/guohui/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc

但这样做的局限性很明显，每次我们启动终端，都会引入一个特定的conda环境中的某个变量，这有可能会隐含环境冲突。在Linux系统中，我们时常要在终端中引入环境变量，有时为了环境的独立互不影响，我们一般尽量不会在~/.bashrc中去引入，在conda中，我们使用conda的目的即是为了环境独立，但是不想要每次激活，都去手动去做一些重复性操作，conda为我们提供了一种方法，即激活钩子。

激活钩子

在conda中我们切换环境，相当于切换python的解释器，和pip的环境包，同时去调用钩子目录下面的可执行脚本。一般钩子目录在conda环境下的etc/conda/目录下面，可以通过cd $CONDA_PREFIX，进入conda的环境目录，而conda钩子目录在环境目录下etc/conda目录下。在此目录下你能看到有两个主要目录：activate.d deactivate.d

bash 复制代码

//找到C工大环境下的钩子目录
mkdir -p $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d

//进入conda钩子目录的上级目录
cd $CONDA_PREFIX/etc/conda

接下来我们看一下钩子目录下，activate.d目录下是在激活时执行的所有脚本（包含shell脚本，或Windows下bat脚本），deactivate.d目录下是环境退出时执行的清理脚本，即清理掉之前activate.d下脚本引入的环境变量，目的是为了避免环境污染。

但是有些脚本没有清理脚本，这不是必须的，但是最好为每个脚本，都编写一个清理脚本。

示例脚本

我们去解决上面所提出的问题，在每次环境激活都去引入一个libxcb-cursor.so.0库的环境变量，我们即现在activate.d目录下编写一个set_ld_library_path.sh

bash 复制代码

#进入目录
cd $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d
#编写文件
vim set_ld_library_path.sh

bash 复制代码

#set_ld_library_path.sh
#!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/home/guohui/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib:$LD_LIBRARY_PATH
EOF

bash 复制代码

#赋予脚本执行权限
chmod +x $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d/set_ld_library_path.sh

以上是激活时的钩子脚本，然后我们写清理脚本

bash 复制代码

#set_ld_library_path_deactivate.sh
#!/bin/bash
# 从 LD_LIBRARY_PATH 中移除我们之前添加的 Conda 环境 lib 目录
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH#$CONDA_PREFIX/lib:}

如果你不需要手动清理，完全可以省略 deactivate.d 脚本，因为 Conda 默认会在 deactivate 时恢复环境变量。提供此脚本只是为了满足你的明确要求或追求额外保险。

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