InDraw 提供了便捷的结构编辑功能，支持通过连接与组合两种方式灵活处理多个化学片段。
一、【连接】
在InDraw中连接两个结构、两根键或两个原子是非常便捷的，只需要简单点几下就能快速完成：
当需要将两个独立结构通过键合并时，先双击选中 第一个结构中的一根键，再按住Shift键，同时选中第二个结构中的对应键。
最后在任意处右键，在弹出菜单中选择****【操作】→【连接】**** （连接快捷键：Ctrl+J）。则两根键按照规则进行合并（包括键两端的原子），其他部分相应旋转和平移。
同时选中要融合的两个原子，点击鼠标右键菜单【操作】→ 【连接】，则两个原子按照规则进行合并， 其他部分相应平移。
二、【组合】
除了通过化学键连接结构外，对于无需成键的多个结构片段（如化学结构中的阴阳离子、盐型片段等），可以通过组合功能将它们合并为一个整体对象，位置保持不变，方便统一进行移动、缩放、删除、复制等编辑操作。
在画布中，同时框选多个对象，点击右键菜单栏中"操作"-"组合"-"组合"即可。组合之后，两个或多个结构式会统一位于一个矩形框中，组合效果如下图。（组合快捷键：Ctrl+G）
取消组合：拆分已合并的组，恢复独立编辑步骤同上，点击右键菜单栏中"操作"-"组合"-"取消组合"。
通过以上步骤，InDraw可快速实现结构的拼接、组合与修改，适用于绘制复杂分子或反应式。