Windows下安装FreeSurfer（2026最新）

Windows下安装FreeSurfer（2026.6）

本文解决了以下问题：

安装WSL 2.7.3（Ubutun24.04）
安装FreeSurfer 8.2.0

起因是这样的：

一、概述

1.1 FreeSurfer

FreeSurfer 是由美国麻省总医院（MGH）Athinoula A. Martinos 生物医学成像中心的计算神经成像实验室（Laboratory for Computational Neuroimaging）开发的一套开源软件套件，专门用于分析和可视化人类大脑的磁共振成像（MRI）数据------涵盖结构MRI、功能MRI（fMRI）、弥散MRI（dMRI）乃至PET数据。

FreeSurfer官网https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/

然而，FreeSurfer目前只支持MacOS和Linux（现在最新的版本是2026年发布的8.2.0），下载地址如下所示：

FreeSurfer下载https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads

由于不支持Windows系统，因此FreeSurfer无法直接在Windows上安装和运行，但是可以借助WSL2虚拟机来使用。

1.2 WSL2

WSL 2（Windows Subsystem for Linux 2） 是 Windows 内置的一项功能，可以在 Windows 上直接跑一个完整的 Linux 环境（带真实的 Linux 内核），不需要装传统虚拟机、不需要双系统**。**

1.3 安装要求

以下内容来自FreeSurfer官网：

支持的处理器：

英特尔处理器需支持 AVX 和 SSE 指令集；Apple M1、M2、M3、M4 ARM64 处理器同样兼容。
所需内存（RAM）：
- FreeSurfer 8.x 版本 ：系统总内存至少 32 GB（建议仅运行 recon-all 和/或基于 Python 的命令，如使用 TensorFlow 等库时）。
- FreeSurfer 7.x 版本 ：系统总内存至少 16 GB（建议仅运行 recon-all）。
显存/图形内存 ：建议 16 GB，用于通过第三方显卡查看 3D 图形，该显卡应通过加速 OpenGL 驱动访问其专用显存（部分便携笔记本的内置集成显卡性能可能不足）。
安装占用空间 ：约 16--19 GB。
单个处理对象的典型输入大小 ：约 300 MB（T1 加权 MRI 原始数据）。

以下内容来自微软官网，是WSL2的安装要求：

Windows 10 版本 2004 及更高版本（内部版本 19041 及更高版本）或 Windows 11。

二、WSL2的安装

这是官方的安装指南：安装 WSL | Microsoft Learn。

使用cmd打开命令行，输入wsl，如下所示：

如果没有安装过，它会自动下载，如下所示：

下载完成后会自动安装，如下所示：

众所周知，Linux有多种发行版，通过下面的命令，可以列出所有可用的发行版：

bash 复制代码

wsl --list --online

结果如下所示：

我们准备安装最新版的FreeSurfer，即8.2.0，它支持的Linux系统包括**：**CentOS7、Rocky8、Rocky9、Ubuntu22、Ubuntu24。我们不妨选择最新的Ubuntu24。

bash 复制代码

wsl --install Ubuntu-24.04

接下来就可以看到Ubuntu-24.04正在下载。安装完成后如下所示，需要先设置一个默认的Ubuntu用户名：

相应的，还有密码。值得注意的是，不管是输入密码还是确认密码的时候，尽管按了键，控制台里都不会有输出。

当出现下面所示的情况，则说明WSL2安装并配置成功了：

需要说明的是，有些人可能无法顺利地启动WSL2，可能是因为控制面板里没有开启虚拟机的功能，具体如下所示：

打开控制面板，选择程序，点击*启用或关闭Windows功能。*将适用于Linux的Windows子系统和虚拟机平台两项勾选，如下图所示：

虽然只勾选第二项不勾选第一项也能启动Ubuntu。

上面的设置修改后需要重启电脑。

下面的命令可以用于启动Ubuntu，以后都可以使用这个命令（可能需要等待）：

bash 复制代码

wsl -d Ubuntu-24.04

三、FreeSurfer的安装

3.1 下载安装包

打开上面提到的下载地址，找到8.2.0所属的部分，如下所示：

由于我们的发行版是Ubuntu24.04，因此选择freesurfer_ubuntu24-8.2.0_amd64.deb下载，下载链接为https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/8.2.0/freesurfer_ubuntu24-8.2.0_amd64.deb

我们可以使用下载器，这样会下的快一点。

3.2 安装

WSL2可以访问到我们Windows系统下的文件路径，我把安装包下载到了下载文件夹下，即用户目录下的Downloads，我们可以使用cd命令切入到对应目录，如下所示：

bash 复制代码

cd Downloads/

如果安装包下载的路径不一致，修改为对应位置即可。

在安装前，我们最好先更新一下Ubuntu的软件包索引，可以使用下面的命令：

bash 复制代码

 sudo apt-get update -y

由于使用了sudo命令，需要管理员权限，因此需要先输入刚才设置的密码，如下所示：

等更新完成后，输入下面的命令即可安装：

bash 复制代码

sudo apt-get -y install ./freesurfer_ubuntu24-8.2.0_amd64.deb

结果如下图所示：

等待安装完成即可。

3.3 设置环境变量

接下来设置环境变量，运行下面的命令即可：

bash 复制代码

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/8.2.0
echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/8.2.0" >> $HOME/.bashrc

上面命令的作用是在bashrc文件（即命令行的配置文件）下声明FreeSurfer，以便使用。

3.4 申请license

虽然FreeSurfer可以免费使用，但需要申请一个lincense，申请地址见下：FreeSurfer Registration formhttps://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html据实际情况填写即可，注意所在机构（Name of your academic/research institution）是必填项。

填写完毕后点击I AGREE，将得到如下所示的页面：

这就说明注册成功了，接下来打开邮箱，即可看到邮件，邮件里有一个附件license.txt。

这个license文件应该放到FreeSurfer文件夹下，一般是形如/usr/local/freesurfer/8.2.0。

我们可以通过mv命令实现，如下所示：

bash 复制代码

sudo mv ./license.txt $FREESURFER_HOME/

接下来再次设置环境变量（官方教程就是这样的）：

bash 复制代码

 echo "export FS_LICENSE=$HOME/license.txt" >> $HOME/.bashrc
 echo "export XDG_RUNTIME_DIR=$HOME/.xdg" >> $HOME/.bashrc
 echo "export DISPLAY=:0" >> $HOME/.bashrc
 echo "source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> $HOME/.bashrc

可以照着做一下。

3.5 重启

重新进入WSL2，一进来就可以观察到下面的情况：

看起来是安装好了。我们可以输入下面的命令验证一下：

bash 复制代码

which freeview

如果能得到对应路径，即/usr/local/freesurfer/8.2.0/bin/freeview，则说明安装并配置完成。

接下来使用freeview命令，能唤起图形化界面，说明无误。

四、可能遇到的问题

4.1 WSL2无法连接网络

在更新软件包的时候，可能由于WSL2无法连接网络而导致失败，进而影响后续FreeSurfer的安装。可以在Windows下先检查网络适配器状态是否正常。

此外，WSL2的网络请求可能会被火绒诊断为ARP攻击，到时可以暂时退出火绒。

4.2 Freeview无图形化界面

先使用下面的命令确认DISPLAY状态：

bash 复制代码

echo $DISPLAY

如果得到:0说明无误。

可以尝试重启WSL，使用下面的命令关闭WSL2：

bash 复制代码

wsl --shutdown

接下来重启即可。