Gromacs笔记 - 教程指南

再次强调一遍gromacs的一些主要学习资源的来源：

• gromacs官网：https://www.gromacs.org/
• gromacs官方文档：https://manual.gromacs.org/current/index.html
  • 这个官方文档是一份接近1000多页的pdf文件（每个版本都会变化），https://manual.gromacs.org/current/manual-2026.2.pdf， 理论上来说我们可以使用agent将这个文档变成一个skill
  • gromacs官网仓库：https://gitlab.com/gromacs/gromacs、https://github.com/gromacs/gromacs
  • gromacs官方论坛：https://gromacs.bioexcel.eu/

• gromacs教程指南
  • 用户指南：https://manual.gromacs.org/current/user-guide/index.html
  • 官方教程：https://tutorials.gromacs.org/
  • 第三方教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/

用户指南：

官方教程：

第三方教程：

• Python 调用接口：https://manual.gromacs.org/current/gmxapi/index.html

我们本系列接下来的模式是：

1. 先熟悉gromacs用户指南
2. 跟着第三方教程走一遍模拟（第三方教程相比官方教程更加人性化/详细一点，但是也有一些错误）
3. 遇到问题直接论坛问+查官方文档
4. 正式开始自己模拟的时候就：遇到问题直接查官方论坛+官方文档

总而言之，1个原则就是在做中学，要榨干官方文档的每一个细节（一切第一性原理方面的引用论证，都以参考官方文档为准）。

就像我前面说的那样，一个比较偷懒的做法就是将整个官方文档蒸馏为1个skill，

# 先下载我们的官方文档
wget  https://manual.gromacs.org/current/manual-2026.2.pdf

# 再使用book-to-skill 仓库
git clone https://github.com/virgiliojr94/book-to-skill.git ~/.claude/skills/book-to-skill

# 然后在任何agent代理session中使用
/book-to-skill