使用docker分析高通量测序数据生物信息分析涉及到多种平台语言，包括python、R、perl等。而一些公开发表的pipeline，特别是前些年发表的，因其pipeline是基于特定python或R环境开发的，导致很难在用户当前linux环境下运行。而为了运行某个特定pipeline，再把我们当前环境改成符合某个特定pipeline运行后，之前开发的pipeline又无法运行了。为了解决这些矛盾，笔者在此建议使用docker，将某个特定的pipeline放在一个docker，需要用的时候直接调用特定的docker即可。