ezygene

不务正业的小主治19 天前
生信分析·简析基因·ezygene·预后分析·lasso分析·单因素cox·多因素cox
ezygene-预后分析使用survival包对数据进行单因素或者多因素,区别是,选择单因素则计算一个变量与预后的关系,选择多因素则计算多个变量同时与预后的关系。这里要注意,多因素分析的时候,要控制变量的数量! Lasso回归通过在损失函数中加入L1正则化项,使得部分不重要的预测变量的系数收缩为0,从而实现变量选择。在分析的时候需要注意,生存时间必须大于0,同时在进行分析的同时,基因的数量不能太多,如果太多如2000个以上,则这时候通过lasso分析最后得到的基因数量可能为0,所以在分析的时候尤其需要注意!
不务正业的小主治20 天前
pca·msd·umap·简析基因·ezygene·降维分析·tsne
ezygene-降维分析降维分析是高维数据(如基因、图像)可视化与特征提取的核心方法。PCA 为主成分分析,通过线性变换提取方差最大的主成分,速度快、可解释性强,适合初步数据探索,但难以保留非线性结构。t-SNE 基于概率分布优化,擅长聚类展示,局部结构清晰,适合可视化,却计算慢、难以还原全局关系。UMAP 兼顾 t-SNE 的聚类效果与更快速度,同时保留局部与全局结构,应用更广泛。MSD(平均平方距离)侧重衡量数据离散程度,常辅助评估降维后数据分布的紧凑性与聚类质量,多用于降维效果验证与特征筛选。
不务正业的小主治21 天前
人工智能·r语言·简析基因·ezygene·免疫分析
ezygene-多种算法计算免疫评分免疫评分的方法有很多,如CIBERSORT_ABS;CIBERSORT;quantiseq;mcpcounter;xcell;EPIC;TME;immnue_28,immnue_13,ESITIMATE
不务正业的小主治21 天前
简析基因·ezygene·差异分析的基础·预后分析的前提准备
ezygene-导出样本信息为什么要导出样本信息,因为本身库里面只有表达谱矩阵信息,而常见的如差异分析等在内,都需要分组信息等,预后分析,需要一些生存数据信息。
我是有底线的