ezygene-多种算法计算免疫评分

免疫评分的方法有很多,如CIBERSORT_ABS;CIBERSORT;quantiseq;mcpcounter;xcell;EPIC;TME;immnue_28,immnue_13,ESITIMATE

其中CIBERSORT_ABS,CIBERSORT,mcpcounter,xcell,quantiseq方法是通过R语言的IOBR包预测的细胞丰度,EPIC方法,是通过R语言的EPIC包预测的,TME方法是通过R语言的TMEscore包预测的TME评分,immnue_28方法是通过ssGSEA的方法对pmid:28052254文章中获得的28个细胞的特征基因计算的评分,immnue_13方法是通过ssGSEA的方法对pmid:28428277文章中获得的13个细胞的特征基因计算的评分。ESITIMATE使用R语言的estimate包预测的免疫评分。

https://www.ezygene.com/tool/calculating_immune_infiltratio_visualization

这里可以针对已经建好库的表达谱进行进行测试,免疫浸润的方法有很多种,可以单选也可以多选,我一般是直接全部选上,到时候想用啥用啥?当然选的越多,运行的越慢。

当然也可以选择自己上传数据集

直接选择就可以了,这操作不比你写代码更加酸爽!

最有意思的是,他提供了两种有意思的可视化的方法

第一种比较可视化

相关性可视化

选来选去都是参数不停的在改动,一个工具的强大,就在于,他能完成什么样的工作量

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