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Amber 分子动力学模拟17: MMGBSA与MMPBSA及注意事项摘要：本文系统梳理 MMGBSA/MMPBSA 端点法结合自由能计算的完整实操流程。内容涵盖热力学循环原理、GB 模型（igb）选择、MD 模拟时长与收敛性判断，并以雷洛昔芬-雌激素受体为例给出单配体计算全流程（tleap、MD、cpptraj、MMPBSA.py），同时介绍多配体体系的两种计算策略与协同效应评估方法，最后逐项解读输出能量项并提供关键参数速查表。