PeptideCLM：专为修饰肽膜渗透预测设计的化学语言模型——原理+部署+实战本文收录于专栏 开源多肽性质预测 —— 专栏系统覆盖开源多肽性质预测工具，点击订阅可跟踪后续更新。你做环肽 SAR，候选里全是 D-氨基酸、N-甲基化、非天然侧链，通用化学语言模型要么不认识这些 token、要么把环当隐式字符串让模型自己猜。PeptideCLM（JCIM 2025）把 2300 万分子（1200 万小分子 + 1100 万修饰肽）混训出一个 4400 万参数的 RoFormer 编码器，从第一天就学会“肽的 SMILES 长什么样”。这篇给你原理、与 HELM-BERT/MoLForme