重测序之快速比对(速度比谁都快哦~)

原理

讲一下

这个比较重要,就不瞎比比了,screen建立作业窗口,再分别运行比对个体

都不喜欢讲想法,那就看原理。

python 复制代码
import os
##比对之前如果不建立索引,那你猜我会怎么骂你呢?
def create_screen_window(screen_name):
    os.system(f"screen -dmS {screen_name}")
def execute_code_in_screen(screen_name, code):
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff '{code}\n'")
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff 'exit\n'")
for i in range(52,82):
    screen_name = "SRR131783"+str(i)
    create_screen_window(screen_name)
    code_to_execute = "bwa-mem2 mem sidai.fa SRR131783"+str(i)+"_1.fastq.gz SRR131783"+str(i)+"_2.fastq.gz > SRR131783"+str(i)+".sam"
    execute_code_in_screen(screen_name, code_to_execute)

基本上每一个参数都是重点没有可浪费的,每一步都是重点。充分理解screen就明白了

相关推荐
都叫我大帅哥44 分钟前
Python的Optional:让你的代码优雅处理“空值”危机
python
Andy杨2 小时前
20250718-1-Kubernetes 应用程序生命周期管理-应用部署、升级、弹性_笔记
linux·docker·容器
曾几何时`3 小时前
基于python和neo4j构建知识图谱医药问答系统
python·知识图谱·neo4j
写写闲篇儿5 小时前
Python+MongoDB高效开发组合
linux·python·mongodb
杭州杭州杭州6 小时前
Python笔记
开发语言·笔记·python
一个龙的传说7 小时前
linux 常用命令
linux·服务器·zookeeper
路人蛃8 小时前
通过国内扣子(Coze)搭建智能体并接入discord机器人
人工智能·python·ubuntu·ai·aigc·个人开发
qiqiqi(^_×)8 小时前
卡在“pycharm正在创建帮助程序目录”
ide·python·pycharm
Ching·8 小时前
esp32使用ESP-IDF在Linux下的升级步骤,和遇到的坑Traceback (most recent call last):,及解决
linux·python·esp32·esp_idf升级