重测序之快速比对(速度比谁都快哦~)

原理

讲一下

这个比较重要,就不瞎比比了,screen建立作业窗口,再分别运行比对个体

都不喜欢讲想法,那就看原理。

python 复制代码
import os
##比对之前如果不建立索引,那你猜我会怎么骂你呢?
def create_screen_window(screen_name):
    os.system(f"screen -dmS {screen_name}")
def execute_code_in_screen(screen_name, code):
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff '{code}\n'")
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff 'exit\n'")
for i in range(52,82):
    screen_name = "SRR131783"+str(i)
    create_screen_window(screen_name)
    code_to_execute = "bwa-mem2 mem sidai.fa SRR131783"+str(i)+"_1.fastq.gz SRR131783"+str(i)+"_2.fastq.gz > SRR131783"+str(i)+".sam"
    execute_code_in_screen(screen_name, code_to_execute)

基本上每一个参数都是重点没有可浪费的,每一步都是重点。充分理解screen就明白了

相关推荐
jingyu飞鸟18 分钟前
linux系统源代码安装apache、编译隐藏版本号
linux·运维·apache
编程零零七21 分钟前
Python巩固训练——第一天练习题
开发语言·python·python基础·python学习·python练习题
世事如云有卷舒22 分钟前
Ubunt20.04搭建GitLab服务器,并借助cpolar实现公网访问
linux·服务器·gitlab
Zonda要好好学习42 分钟前
Python入门Day4
java·网络·python
2401_858286111 小时前
OS15.【Linux】gdb调试器的简单使用
linux·运维·服务器·开发语言·gdb
小龙在山东1 小时前
Python 包管理工具 uv
windows·python·uv
weixin_307779132 小时前
批量OCR的GitHub项目
python·github·ocr
孤狼warrior3 小时前
灰色预测模型
人工智能·python·算法·数学建模
神仙别闹3 小时前
基于Python实现LSTM对股票走势的预测
开发语言·python·lstm
机器学习之心3 小时前
小波增强型KAN网络 + SHAP可解释性分析(Pytorch实现)
人工智能·pytorch·python·kan网络