重测序之快速比对（速度比谁都快哦~）

原理

• 讲一下
• • • 这个比较重要，就不瞎比比了，screen建立作业窗口，再分别运行比对个体

讲一下

这个比较重要，就不瞎比比了，screen建立作业窗口，再分别运行比对个体

都不喜欢讲想法，那就看原理。

import os
##比对之前如果不建立索引，那你猜我会怎么骂你呢？
def create_screen_window(screen_name):
    os.system(f"screen -dmS {screen_name}")
def execute_code_in_screen(screen_name, code):
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff '{code}\n'")
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff 'exit\n'")
for i in range(52,82):
    screen_name = "SRR131783"+str(i)
    create_screen_window(screen_name)
    code_to_execute = "bwa-mem2 mem sidai.fa SRR131783"+str(i)+"_1.fastq.gz SRR131783"+str(i)+"_2.fastq.gz > SRR131783"+str(i)+".sam"
    execute_code_in_screen(screen_name, code_to_execute)

基本上每一个参数都是重点没有可浪费的，每一步都是重点。充分理解screen就明白了