重测序之快速比对(速度比谁都快哦~)

原理

讲一下

这个比较重要,就不瞎比比了,screen建立作业窗口,再分别运行比对个体

都不喜欢讲想法,那就看原理。

python 复制代码
import os
##比对之前如果不建立索引,那你猜我会怎么骂你呢?
def create_screen_window(screen_name):
    os.system(f"screen -dmS {screen_name}")
def execute_code_in_screen(screen_name, code):
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff '{code}\n'")
    os.system(f"screen -S {screen_name} -X stuff 'exit\n'")
for i in range(52,82):
    screen_name = "SRR131783"+str(i)
    create_screen_window(screen_name)
    code_to_execute = "bwa-mem2 mem sidai.fa SRR131783"+str(i)+"_1.fastq.gz SRR131783"+str(i)+"_2.fastq.gz > SRR131783"+str(i)+".sam"
    execute_code_in_screen(screen_name, code_to_execute)

基本上每一个参数都是重点没有可浪费的,每一步都是重点。充分理解screen就明白了

相关推荐
码出钞能力14 分钟前
linux内核模块的查看
linux·运维·服务器
星辰云-1 小时前
# Linux Centos系统硬盘分区扩容
linux·运维·centos·磁盘扩容
聽雨2371 小时前
02每日简报20250704
linux·科技·金融·生活·社交电子·娱乐·媒体
Maki Winster2 小时前
Peek-Ubuntu上Gif录制工具-24.04LTS可装
linux·ubuntu·peek
巴里巴气2 小时前
selenium基础知识 和 模拟登录selenium版本
爬虫·python·selenium·爬虫模拟登录
19892 小时前
【零基础学AI】第26讲:循环神经网络(RNN)与LSTM - 文本生成
人工智能·python·rnn·神经网络·机器学习·tensorflow·lstm
JavaEdge在掘金2 小时前
Redis 数据倾斜?别慌!从成因到解决方案,一文帮你搞定
python
ansurfen2 小时前
我的第一个AI项目:从零搭建RAG知识库的踩坑之旅
python·llm
前端付豪2 小时前
20、用 Python + API 打造终端天气预报工具(支持城市查询、天气图标、美化输出🧊
后端·python
前端付豪2 小时前
19、用 Python + OpenAI 构建一个命令行 AI 问答助手
后端·python