R语言4_安装BayesSpace

樱木之2023-08-10 21:12

环境Ubuntu22/20, R4.1

你可能会报错说你的R语言版本没有这个库，但其实不然。这是一个在Bioconductor上的库。

同时我也碰到了这个问题，ERROR: configuration failed for package 'systemfonts'等诸多类似问题，下面的方法可以一并解决。

第一步，更新服务器环境，进入终端，键入如下命令，

bash 复制代码

apt-get update
apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libcairo2-dev libgtk-3-dev libhdf5-dev libmagick9-dev libcairo2-dev libxt-dev
# linux repo 	:: R repo
# ==============================
# libcairo2-dev :: systemfonts
# libgtk 		:: textshaping
# libhdf5-dev 	:: hdf5r
# libmagick9-dev:: magick
# libcairo2-dev libxt-dev :: Cairo

第二步，装CRAN上的包。进入R语言交互环境，键入如下命令，：

r 复制代码

install.packages("scales")
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggbeeswarm")
install.packages("viridis")
install.packages("pheatmap")
install.packages("Cairo")
install.packages("ggrepel")
install.packages("systemfonts")
install.packages("textshaping")
install.packages("ragg")
install.packages("ggrastr")
install.packages("systemfonts")

第三步，装BiocManager上的包。进入R语言交互环境，键入如下命令，

r 复制代码

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
    
BiocManager::install("Rhdf5lib")	# need apt install libhdf5-dev
BiocManager::install("rhdf5filters")

BiocManager::install("GenomeInfoDbData")	# maybe need a VPN since it is big, about 10mB. Less than 5mB can be download without VPN.

BiocManager::install("BayesSpace")

安装完毕，测试，

r 复制代码

library(BayesSpace)