文章目录
-
- 概要
- 背景知识
-
- [什么是singularity ?](#什么是singularity ?)
- 安装流程
-
- [1. 安装Go](#1. 安装Go)
- [2. 下载Singularity](#2. 下载Singularity)
- [3. 编译Singularity源代码](#3. 编译Singularity源代码)
- [4. 验证安装是否成功](#4. 验证安装是否成功)
- singularity的使用
-
- [安装open structure](#安装open structure)
- 小结
概要
这里主要记录singularity的安装和使用,安装过程中会出现相关的错误,所以目前主要是进行记录。
背景知识
什么是singularity ?
以下这篇blog介绍了singularity容器。
浅谈Singularity容器
安装流程
安装流程看了很多文章,但是主要是针对从下面的文章进行实践,其中也遇到了很多问题,并进行了解释。
在Linux系统下安装部署Singularity容器
Singularity容器的安装大致分为以下三个步骤:
- 安装Go
- 下载Singularity
- 编译Singularity源代码
1. 安装Go
Singularity v3 及以上版本主要用 Go语言 编写,所以需要安装Go才能进行源代码编译。目前可以查看官网链接,一般官网上展示的是最新版。
这里使用go1.21.3.linux-amd64.tar.gz
下载完成后解压到目标目录下,并设置相应的环境变量。
bash
tar -xzvf go1.21.3.linux-amd64.tar.gz
将环境变量设置为指向Go:PATH
bash
echo 'export PATH=<PATH to go>/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc &&\
source ~/.bashrc
注意:如果之前系统中已经下载安装过go程序,需要将之前的删除或替换
bash
go rm -r <PATH to go>/go
2. 下载Singularity
从官网中下载任意一个版本Singularity,请查看Github的发布列表
"/>
因为我安装的ubuntu的系统是Ubuntu 22.04,其实更偏向于Ubuntu 22.04 (jammy),但是不太懂,所以我没有试过这种,直接下载的就是singularity-ce-4.0.1.tar.gz,也成功了。
也可以下载其他版本
3. 编译Singularity源代码
现在你已经准备好构建Singularity了。依赖项将自动下载。您可以使用以下命令构建Singularity:
bash
# 解压
tar -xvzf singularity-ce-4.0.1.tar.gz
# 进入singularity目录下
cd singularity
# 构建Singularity
./mconfig
当执行上述命令后,可能会遇到下面情况
./mconfig出现下面错误:seccomp headers are required to build singularity with seccomp support
bash
这个错误消息表明在构建Singularity时需要安装seccomp(安全计算)的头文件以启用seccomp支持。Seccomp是一个Linux内核的安全功能,可以用来限制进程对系统调用的访问,提高应用程序的安全性。
要解决这个问题,你可以按照以下步骤来安装seccomp的头文件:
sudo apt-get install libseccomp-dev
重新运行./mconfig后出现新的错误:glib-2.0 header are required to build conmon
bash
这个错误消息表明在构建 conmon 时需要安装 glib-2.0 的头文件。glib-2.0 是一个常见的C语言库,用于开发Linux应用程序,它提供了许多常用的功能和数据结构。
要解决这个问题,你可以按照以下步骤来安装 glib-2.0 的头文件:安装 glib-2.0 头文件:你需要使用包管理器来安装 glib-2.0 的头文件。
sudo apt-get install libglib2.0-dev
重新运行./mconfig后出现新的错误:fuse/fuse3(libfuse/fuse3)header are required to build squashfuse
bash
这个错误消息表明在构建 squashfuse 时需要安装 libfuse 或 libfuse3 的头文件,这是FUSE(Filesystem in Userspace)的库,用于支持用户空间文件系统的开发。要解决这个问题,你需要根据你的系统使用的FUSE版本来安装相应的头文件。
1。 安装 libfuse 头文件:
sudo apt-get install libfuse-dev
2。 安装 libfuse3 头文件:
sudo apt-get install libfuse3-dev
再次运行mconfig就不再出现错误,会在当前builddir文件夹下出现makefile文件,之后继续singularity的编译
bash
make -C builddir && \
sudo make -C builddir install
需要注意的是Singularity需要在root用户下安装才能正常运行。
4. 验证安装是否成功
任何路径下直接:
bash
singularity --version
如果return 相关的version,则表明成功安装
查看具体的脚本,可以输入
bash
singularity -h
<img src="
singularity的使用
安装open structure
bash
sudo singularity build ost.img Singularity
note: 安装时间很长,请确定网络良好
使用:
bash
singularity run --app OST ost.img -h
比较refernece structure and predicted structure to obtain lddt:
bash
singularity run --app OST ost.img compare-structures --model predicted.pdb --reference solution.pdb --output output.json --lddt
小结
感谢上述各种blog的支持