探讨m6调控因子与人类癌症之间的因果关系,纯生信也能轻松上5+

今天给同学们分享一篇生信文章"m6A Regulators Is Differently Expressed and Correlated With Immune Response of Esophageal Cancer",这篇文章发表在Front Cell Dev Biol期刊上,影响因子为5.5。

结果解读:

m6A调控因子在基因组中的异常与人类癌症的预后相关

为了评估m6A调控因子在人类癌症中的功能重要性,作者使用cBioPortal数据库分析了m6A调控因子异常与人类癌症患者生存时间之间的相关性。如图1所示,作者观察到基因组中m6A调控因子的异常与乳腺癌、肾癌和子宫内膜癌患者的预后明显相关,然而与膀胱癌和结肠癌患者的较长生存时间明显相关。此外,在其他类型的人类癌症中,作者并未发现m6A调控因子基因组异常与生存时间之间存在显著相关性。

在宫颈癌中,m6A调控因子的扩增、删除和突变

m6A调控因子在乳腺癌和肾癌中的作用在先前的研究中已经有所暗示。本研究重点探讨m6A调控因子在子宫内膜癌中的作用。作者利用cBioPortal数据库检测了1,680例病例中m6A调控因子的遗传变异情况(图2)。作者发现23个m6A调控因子中存在不同程度的遗传变化,包括ALKBH5、FTO、HAKAI、HNRNPA2B1、HNRNPC、IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、KIAA1429、METTL14、METTL16、METTL3、RBM15、RBM15B、VIRMA、WTAP、YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3、ZC3H13和ZCCHC4。如图2所示,作者揭示了大多数m6A调控因子在子宫内膜癌中存在扩增、缺失和突变的情况,其中IGF2BP2的发生率最高(11%)。

m6A调控因子在EC中的表达谱

TCGA中的m6A调控因子水平显示在图3中。其中,17个m6A调控因子在EC样本中表达增加,包括IGF2BP3(图3A),HAKAI(图3B),KIAA1429(图3C),RBM15(图3D),METTL16(图3E),YTHDF2(图3F),YTHDF1(图3G),IGF2BP2(图3H),ZC3H13(图3I),FTO(图3J),YTHDF3(图3K),RBM15B(图3L),ALKBH5(图3M),HNRNPC(图3N),HNRNPA2B1(图3O),WTAP(图3P),METTL14(图3Q)。与此同时,METTL3(图3R)和YTHDC2(图3S)在肿瘤样本中被抑制。然而,作者发现YTHDC1(图3T),ZCCHC4(图3U),IGF2BP1(图3V)在正常和肿瘤样本之间的表达没有差异。

m6A调控因子的失调与EC患者较短的OS时间相关

然后,作者使用Kaplan-Meier图来检测m6A调控因子在子宫内膜癌中的预后价值。作者发现HNRNPC(图4A)、YTHDC2(图4B)、WTAP(图4C)、VIRMA(图4D)、IGF2BP3(图4E)和HNRNPA2B1(图4F)的水平与子宫内膜癌的不良预后显著相关,表明这些m6A调控因子在子宫内膜癌中起着关键作用。

m6A调控因子的失调与EC的晚期临床分期相关

作者接下来在EC中确认了m6A调控因子与临床参数之间的相关性。如图4所示,结果显示6个m6A调控因子(HNRNPC、YTHDC2、WTAP、VIRMA、IGF2BP3和HNRNPA2B1)在食管鳞状细胞癌和食管腺癌中均上调,与正常样本相比。在这些基因中,IGF2BP3在EC样本中的上调幅度最显著(图5E)。此外,作者发现只有WTAP(图5A)和HNRNPC(图5B)在鳞状细胞癌中上调,而在腺癌中没有上调。

总结

总之,作者的研究通过生物信息学分析证实了肿瘤相关m6A调节因子的失调,这与EC患者的预后有关,因此它可以作为预后的生物标志物。此外,作者发现m6A调节因子的表达与EC中免疫浸润水平和免疫调节因子的表现相关。作者的研究表明,m6A调节蛋白可能是EC中的假定药物靶点。

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