基于scaffold的分子生成模型 + 筛选模型,对比它们

一、基于scaffold的分子生成模型

1、Paper "3D-SMGE:A Pipeline for Molecules Generate and Evaluate based on Scaffolds"

code:GitHub - ZheLi-Lab-Collaboration/3D-SMGE: A Pipeline for Molecules Generate and Evaluate based on Scaffolds

conda activate autogrow

下载模型然后放在主文件夹:

https://drive.google.com/file/d/14c65EiA8gWlGhIxEyHtlp-NL68qDqN7P/view?usp=drive_link

基于SMIELS + scaffold的分子生成

python SMG_3D.py generate 3D_SMG ./model/ 100 --scaffold 'CC(C1=CC=C(OC)C(OC)=C1)=O' --genMode mode1 --inputFormat smiles --chunk_size 100 --cuda --max_length 60 --file_name scaffold

ADMET Predicition

Firstly, you are supposed to move the generated molecules agg_smi.smi to the ./data folder.

python ./property_Pred/ADMET/general_admet/admet-pred.py --smi_path ../data/agg_smi.smi --csv_path ../data/smi

2、Learning to Extend Molecular Scaffolds with Structural Motifs

GitHub - microsoft/molecule-generation: Implementation of MoLeR: a generative model of molecular graphs which supports scaffold-constrained generation

二、筛选模型

【精选】分子性质预测预训练模型 + code使用方法-CSDN博客

相关推荐
java1234_小锋20 小时前
TensorFlow2 Python深度学习 - TensorFlow2框架入门 - 计算图和 tf.function 简介
python·深度学习·tensorflow·tensorflow2
程序员晚枫20 小时前
Python 3.14新特性:Zstandard压缩库正式加入标准库,性能提升30%
python
szxinmai主板定制专家20 小时前
基于 ZYNQ ARM+FPGA+AI YOLOV4 的电网悬垂绝缘子缺陷检测系统的研究
arm开发·人工智能·嵌入式硬件·yolo·fpga开发
逆境清醒20 小时前
VS Code配置Python开发环境系列(1)___VScode的安装 ,VScode常用快捷键
vscode·python·visual studio code
万粉变现经纪人20 小时前
如何解决 pip install -r requirements.txt 无效可编辑项 ‘e .‘(-e 拼写错误)问题
开发语言·python·r语言·beautifulsoup·pandas·pip·scipy
聚客AI20 小时前
🌈提示工程已过时?上下文工程从理论到实践的完整路线图
人工智能·llm·agent
C嘎嘎嵌入式开发21 小时前
(二) 机器学习之卷积神经网络
人工智能·机器学习·cnn
潇凝子潇21 小时前
在使用Nacos作为注册中心和配置中心时,如何解决服务发现延迟或配置更新不及时的问题
开发语言·python·服务发现
烛阴21 小时前
Python 列表推导式:让你的代码更优雅、更高效
前端·python
文心快码BaiduComate21 小时前
开工不累,双强护航:文心快码接入 DeepSeek-V3.2-Exp和 GLM-4.6,助你节后高效Coding
前端·人工智能·后端