R语言实操记录——R包无法安装,报错:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found

R语言

R语言实操记录------R包无法安装,报错:Warning in system(cmd) : 'make' not found


文章目录


一、起因

R语言在包的安装上是真的方便,一句install.packages()就可以实现绝大多数包的安装。可惜,越简单的东西,报起错来也越是要命。

  • 我在加载Seurat包时,报错提醒我缺少依赖包rgeos。

    • 行呗,那就install.packages()呗。
  • 开始报错 package 'rgeos' is not available for this version of R"。
    一般原因 有两个:

    1. 该版本的R数据库中不含该包(淘汰或改名了)
    2. 该软件包可用,但不适用于当前版本的R或操作系统类型(Unix/Windows)
    • 解决办法
    1. 用Bio conductor或者Github的安装方法安装,具体操作
    2. install.packages(pkgs, repos = "换个镜像源")
    3. 直接去官网下载压缩包,进行本地安装
  • 再加载一遍Seurat包,开始报错:Error: package or namespace load failed for 'Seurat' in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL 'rgeos':是不是没有为此架构安装?好家伙,还是没安上。我怀疑了一下,是不是包的版本和软件版本有冲突,或者rgeos和Seurat两个包的版本起冲突了,更改了几次,还是报错。于是我就去看了下,安装包时输出的log。

  • 报错Warning in system(cmd) : 'make' not found

  • 具体错误:

r 复制代码
** installing *source* package 'rgeos' ...
** 成功将'rgeos'程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libs

Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'rgeos'
* removing '.../R/4.2/library/rgeos'
Warning in install.packages :
installation of package 'rgeos' had non-zero exit status
  • 这个make命令是RTools 中的,我更新了RTools,配置了make命令的环境变量就可以本地安装rgeos包了。
    • Rtools:一个用于Windows操作系统的软件包,它为R编程语言提供了一套工具和依赖项,以便在Windows上进行编译和构建R软件包。 Rtools的安装和配置使得开发人员能够在Windows环境中更轻松地编译和构建R包,同时也方便了使用C/C++或Fortran等其他编程语言编写的扩展包的安装和使用。
    • 下面是具体步骤

二、具体步骤

2.1、确认问题源

r 复制代码
> Sys.which("make")
make 
"" 

确认找不到make命令,make命令在RTools中

2.2、安装RTools

安装与当前R版本匹配的RTools版本,有两种方法(如果先前安装过RTools,先卸载RTools)

  • 方法一:在线安装
r 复制代码
install.packages("installr")
install.packages("stringr")###依赖包
library(stringr)
library(installr)
## 需要用installr安装RTools
install.Rtools()
  • 方法二 :本地安装
    去官网找与当前R版本匹配的安装包,除开需要将RTools安装在R(Rstudio)一个目录中外,其他一直点击下一步就行了。

2.3、与R(/Rstudio)绑定

假如忘记安装在同一目录下,或者R(/Rstudio)还是找不到make命令在哪的话,我们就需要将二者进行绑定,告诉它RTools的路径在哪。有两种方法。

  • 方法一 :创建一个Renviron文件,指明Rtools主页的路径
    在Rstudio中运行:(这里以RTools 4.3为例)
r 复制代码
writeLines('PATH="${RTOOLS43_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

完成之后,重启一下Rstudio

  • 方法二 :配置环境变量
    直接配置环境变量,开机就读取这个目录。
  • 这里以Windows10为例,在Windows设置中点击系统
  • 选择关于 ---高级系统设置
  • 选择环境变量
  • 编辑Path ,在Path中添加RTools的路径

  • 如果先前有下载过RTools,需要检查并清除掉个人变量系统变量中旧版本的RTools的目录路径。

2.4、验证可行性

r 复制代码
> Sys.which("make")
                              make 
"c:\\rtools43\\usr\\bin\\make.exe" 

install.packages("C:/Users/16748/Downloads/rgeos_0.6-4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

可以成功本地安装了。

三、疑惑

虽然解决了问题,可是我还是存在疑惑。在知道是RTools那边出问题后,我先是在应用程序中,找到了RTools,确定我安装了与Rstudio当前版本匹配的RTools版本,并且前不久才刚刚用过本地安装,理论上不应该会出错。想不通就干脆卸了重装好了,在卸载RTools时,发现应用程序中有它,但是卸载时提示找不到该程序,进入文件目录也确实找不到该包,重启电脑,重新加载还是一样的问题。emmm,好吧,就当它不存在吧,我换个版本吧。为了和新版本的RTools匹配,我又升级了Rstudio,R到最新版。RTools需要和R包的库放在一个目录下,方便加载,但是在安装新版时,提示当前目录下已安装过RTools,请换个目录。emmm,所以旧版的RTools真的存在啊,我翻来倒去都没找到。无奈,换个目录吧,在环境变量里,把这个目录加进去,也能成功加载。虽然最后还是解决了问题,但这种看不见的还解决不了的东西,真叫人心累。

相关推荐
玩电脑的辣条哥2 小时前
Python如何播放本地音乐并在web页面播放
开发语言·前端·python
ll7788115 小时前
LeetCode每日精进:20.有效的括号
c语言·开发语言·算法·leetcode·职场和发展
Jackson@ML6 小时前
Python数据可视化简介
开发语言·python·数据可视化
赵琳琅6 小时前
Java语言的云计算
开发语言·后端·golang
lly2024066 小时前
jQuery 杂项方法
开发语言
赵琳琅7 小时前
MDX语言的安全开发
开发语言·后端·golang
开开又心心的学嵌入式7 小时前
C语言——指针进阶应用
c语言·开发语言
开开又心心的学嵌入式7 小时前
C语言——指针基础知识
c语言·开发语言
lonelyhiker7 小时前
javascript的原型链
开发语言·javascript·原型模式
夏梓蕙8 小时前
Elixir语言的软件开发工具
开发语言·后端·golang