R语言【taxa】——as_data_frame()：将 taxa 的对象 转换为 data.frame

Package taxa version 0.4.2

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Description

将 taxa 对象包含的信息转换为 data.frame，信息保存在列中。如果使用 as_tribble 则转换为表格。

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Usage

as_data_frame(
  x,
  row.names = NULL,
  optional = FALSE,
  ...,
  stringsAsFactors = FALSE
)

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Arguments

参数【x】：由 taxa 定义的一个对象。比如 taxon 或 taxon_id。

参数【row.names】：NULL值，或者命名data frame行名的字符向量。不允许缺失值。

参数【optional】：逻辑值。当为 TRUE，设置行名和转换列名都是可选的。

参数【...】：传入或接收的参数。

参数【stringAsFactors】：逻辑值：字符向量是否转换为因子？

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Example

x <- taxon(name = c('Homo sapiens', 'Bacillus', 'Ascomycota', 'Ericaceae'),
           rank = c('species', 'genus', 'phylum', 'family'),
           id = taxon_id(c('9606', '1386', '4890', '4345'), db = 'ncbi'),
           auth = c('Linnaeus, 1758', 'Cohn 1872', NA, 'Juss., 1789'))

x

class(x)

创建了一个 taxon 对象：

<taxon[4]>
[1] 9606|Homo sapiens Linnaeus 1758|species
[2] 1386|Bacillus Cohn 1872|genus          
[3] 4890|Ascomycota NA |phylum             
[4] 4345|Ericaceae Juss. 1789|family       
Rank levels: phylum < family < genus < species


[1] "taxa_taxon" "vctrs_rcrd" "vctrs_vctr"

转换为 data.frame

as_data_frame(x)

      tax_name tax_rank tax_id tax_db tax_author tax_date tax_cite
1 Homo sapiens  species   9606   ncbi   Linnaeus     1758         
2     Bacillus    genus   1386   ncbi       Cohn     1872         
3   Ascomycota   phylum   4890   ncbi       <NA>                  
4    Ericaceae   family   4345   ncbi      Juss.     1789