R语言【taxa】——n_subtaxa()，n_supertaxa()：每个类群的子类群数量和父类群数量

ALittleHigh2024-01-26 20:17

Package taxa version 0.4.2

n_subtaxa(x, subset = NULL, max_depth = NULL, include = FALSE)

参数【x】：获取子类群的对象，比如 taxonomy。

参数【subset】：检索的树的子集。索引或名称。

参数【max_depth】：挖掘的等级深度。比如，max_depth = 1 表示值返回直接子类群。默认返回所有子类群。

参数【include】：为TRUE时，输出每个类群的信息。

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> x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',
+                 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus', 'Ursus arctos'),
+               supertaxa = c(NA, 1, 2, 3, 3, 1, 6, 7))
> x

<taxonomy[8]>
1: Carnivora
├─2: Felidae
│ └─3: Panthera
│   ├─4: Panthera leo
│   └─5: Panthera tigris
└─6: Ursidae
  └─7: Ursus
    └─8: Ursus arctos

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> n_subtaxa(x)
[1] 7 3 2 0 0 2 1 0

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> n_subtaxa(x, max_depth = 1)
[1] 2 1 2 0 0 1 1 0

n_supertaxa(x, subset = NULL, max_depth = NULL, include = FALSE)

参数同 n_subtaxa()。

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> x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',
+                 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus', 'Ursus arctos'),
+               supertaxa = c(NA, 1, 2, 3, 3, 1, 6, 7))

> n_supertaxa(x)
[1] 0 1 2 3 3 1 2 3

> n_supertaxa(x, subset = 1:3)
[1] 0 1 2