经验分享｜生信数据分析R和python选哪个？

可爱的一只帆2024-04-13 11:01

......当然是两个都学了（狗头.jpg）

越来越多新的分析方法都是基于python的，建议R有一定基础的（指熟悉基本操作和常见R包的使用）的同学也尝试使用一下python。简单分享一下刚开始需要学习和注意的点（本人也是刚入门，不是专业的......纯分享）：

1.python的使用

（1）Linux系统下用conda创建环境

这里需要注意python版本问题，有些包只在特定的python下才能安装运行，具体看每个包的教程，一般来说按照Tutorial安装都会成功。

以安装cellDancer为例：

bash 复制代码

conda create -n cellDancer python==3.7.6
conda activate cellDancer
pip install celldancer

（2）在conda环境下安装并打开Jupyter notebook/lab

有些包安装的时候自带Jupyter notebook/lab依赖包，没有的话自己安装一下，直接在服务器上运行的话，有自带浏览器输入命令后会自动弹出网页；连个人电脑使用服务器选择--no-browser，复制网址到自己电脑浏览器即可使用：

bash 复制代码

pip install jupyter notebook
jupyter notebook (--no-browser)

新建python3就可以使用啦～

（3）常见报错的解决方法：这个得具体分析了，我遇到的主要问题还是前期环境配置以及使用过程中文件格式的问题。

2.python语言习惯

多用用就好了......没什么诀窍，用惯了R也很好上手。

3.python和R的文件转换

scanpy的文件格式为h5ad，Seurat文件格式为rds或rData，文件转换网上还是很多教程的。这里建议学习一下python中AnnData的数据结构，对后续的处理有帮助。