R语言实战—圆形树状图

话不多说，先看最终效果：

圆形树状图是树状图的一个变型，其实都是层次聚类。

接下来看代码步骤：

首先要先安装两个包：

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install.packages("ggtree")
install.packages("readxl")

咱就别问问什么昂，直接安装就行，代码复制过去，点一下回车键就好~

安装完咱就开始导入数据，我的数据是这样的：

就是随便找的数据，就30多个，在这里我就不上传了，小伙伴们自己简单做一些就好~

R 复制代码

file_path<-"G:/R代码/聚类测试数据.xlsx"

data <- read_excel(file_path)
#导入数据

导完数据，开始计算距离矩阵：

R 复制代码

mydata<-hclust(dist(data))
#dist()计算点的距离形成距离矩阵
#hclust()函数会根据距离矩阵将数据点逐步合并成不同的聚类

然后开始画图：

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p=ggtree(mydata,layout = "circular")+
  geom_text(aes(label=node))#显示树状图每个分支的标签
#layout = "circular"设置树状图为圆形，

然后我们观察到，树状图分为四类处的值分别为：38，40，42，43。有了这些值就可以给不同类划分颜色区域

为避免过于凌乱，我们在观察到值之后就注释掉代码。然后开始下一步

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  geom_tiplab2(offset=0.5, size=3,fontface="bold",color="black")+
#offset=0.5，标签偏移量，正值向外偏，负值向内。fontface="bold"标签字体为粗体
  geom_highlight(node = 38,fill="red",alpha=0.5)+
#指定38号节点部分设置为红色，透明度为0.5
  geom_highlight(node=40,fill="blue")+
  geom_highlight(node=42,fill="orange")+
  geom_highlight(node=43,fill="pink")

然后图就变成这样：

有了这个，我们就剩最后一个步骤，给每个类定一个标签：

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  geom_cladelabel(node=38,label="A",
                  offset=3,barsize =2,hjust=-1,
                  vjust=-0.5,color="red")+
#barsize =2，标签条宽度。hjust=-1，水平对齐方式。vjust=-0.5，垂直对齐方式
  geom_cladelabel(node=40,label="B",
                offset=3,barsize =2,
                hjust=1.5,vjust=-0.5,color="blue")+
  geom_cladelabel(node=42,label="D",
                  offset=3,barsize=2,
                  hjust=-3,vjust=0.1,color="orange")+
  geom_cladelabel(node=43,label="C",
                offset=3,barsize=2,
                hjust=2,color="pink")

运行结果如下：

完整代码如下：

R 复制代码

library(readxl)
library(ggtree)

file_path<-"G:/R代码/聚类测试数据.xlsx"

data <- read_excel(file_path)


mydata<-hclust(dist(data))


ggtree(mydata,layout = "circular")+
#geom_text(aes(label=node))+

geom_tiplab2(offset=0.5, size=3,fontface="bold",color="black")+
  geom_highlight(node = 38,fill="red",alpha=0.5)+
  geom_highlight(node=40,fill="blue")+
  geom_highlight(node=42,fill="orange")+
  geom_highlight(node=43,fill="pink")+
  geom_cladelabel(node=38,label="A",
                  offset=3,barsize =2,hjust=-1,
                  vjust=-0.5,color="red")+
  geom_cladelabel(node=40,label="B",
                offset=3,barsize =2,
                hjust=1.5,vjust=-0.5,color="blue")+
  geom_cladelabel(node=42,label="D",
                  offset=3,barsize=2,
                  hjust=-3,vjust=0.1,color="orange")+
  geom_cladelabel(node=43,label="C",
                offset=3,barsize=2,
                hjust=2,color="pink")

小伙伴们换成自己的数据就可以运行啦~

ok,这篇就到这里啦，欢迎小伙伴们批评指正~