孟德尔随机化、R语言,报错,如何解决?

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问题描述

孟德尔随机化、R语言。因为最近写孟德尔随机化的论文,用的R包比较频繁,结果extract_instructments 的线上功能用不了,一直报错,后来也去github上报错,写信给数据库,没啥实际进展。后来下载了GWAS数据本地做,但在这一步时报错:

输入代码:

java 复制代码
set.seed(114514)
res<-mr(data)
mr_ratio<-generate_odds_ratios(res)
setwd("E:/GWAS")
set.seed(114514)
res_single <- mr_singlesnp(res)

报错:

java 复制代码
res_single <- mr_singlesnp(res)
错误于mr_singlesnp(res): 
  不是所有的"beta.exposure" %in% names(dat)都是TRUE
> View(exposure_clumped)

我Harmonized后的数据是这样的:

友情提示:

如上问题有的来自我自身项目开发,有的收集网站,有的来自读者...如有侵权,立马删除。再者,针对此专栏中部分问题及其问题的解答思路或步骤等,存在少部分搜集于全网社区及人工智能问答等渠道,若最后实在是没能帮助到你,还望见谅!并非所有的解答都能解决每个人的问题,在此希望屏幕前的你能够给予宝贵的理解,而不是立刻指责或者抱怨!如果你有更优解,那建议你出教程写方案,一同学习!共同进步。

解决方案

如下是上述问题的解决方案,仅供参考:

孟德尔随机化(Mendelian randomization, MR)是一种利用遗传变异作为工具变量来评估因果关系的统计方法。在 R 语言中,进行 MR 分析通常涉及到使用特定的包和函数,比如 TwoSampleMR 包。从你提供的错误信息来看,问题出现在使用 mr_singlesnp 函数时,提示说 beta.exposure 不是数据集 dat 中的所有列名。

首先,确保你的数据集 res 是正确的格式。mr 函数通常期望数据集包含某些特定的列,比如 exposure, outcome, beta.exposure, beta.outcome 等。错误信息表明 beta.exposure 不在 dat 的列名中,这可能是因为数据集的列名不匹配或者数据没有正确地加载。

以下是一些可能的解决步骤:

  1. 检查数据集列名 :确保 res 数据集中的列名与 mr_singlesnp 函数所期望的列名一致。
r 复制代码
# 查看数据集列名
names(res)
  1. 数据清洗:如果列名不匹配,你可能需要重命名列。
r 复制代码
# 假设你的列名是 'beta_exposure' 而不是 'beta.exposure'
names(res)[names(res) == 'beta_exposure'] <- 'beta.exposure'
  1. 检查数据完整性:确保所有必要的列都存在于数据集中,并且没有缺失值。

  2. 查看 mr 函数的帮助文档 :了解 mr 函数的输入要求。

r 复制代码
?mr
  1. 检查 mr_ratio 的生成 :如果 mr_ratio 的生成没有问题,那么可能问题出在 mr_singlesnp 的调用上。

  2. 使用 TwoSampleMR 包的示例数据 :尝试使用 TwoSampleMR 包提供的示例数据来运行 mr_singlesnp,以确定问题是否与你的特定数据集有关。

  3. 更新 R 和包:确保你的 R 和所有相关包都是最新版本。

  4. 查看错误报告:如果你已经在 GitHub 上报告了错误,检查是否有任何更新或建议。

  5. 寻求社区帮助:如果问题仍然无法解决,可以在 R 社区论坛或相关的 MR 分析社区寻求帮助。

最后,如果你需要进一步的帮助来解决这个问题,你可以提供更多的上下文信息,比如 res 数据集的结构,以及你使用的 TwoSampleMR 包的版本等。这样社区成员或开发者可以更准确地诊断问题所在。

希望如上措施及解决方案能够帮到有需要的你。

PS:如若遇到采纳如下方案还是未解决的同学,希望不要抱怨&&急躁,毕竟影响因素众多,我写出来也是希望能够尽最大努力帮助到同类似问题的小伙伴,即把你未解决或者产生新Bug黏贴在评论区,我们大家一起来努力,一起帮你看看,可以不咯。

若有对当前Bug有与如下提供的方法不一致,有个不情之请,希望你能把你的新思路或新方法分享到评论区,一起学习,目的就是帮助更多所需要的同学,正所谓「赠人玫瑰,手留余香」。

☀️写在最后

ok,以上就是我这期的Bug修复内容啦,如果还想查找更多解决方案,你可以看看我专门收集Bug及提供解决方案的专栏《CSDN问答解惑-专业版》,都是实战中碰到的Bug,希望对你有所帮助。到此,咱们下期拜拜。

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