R语言实现GWAS meta分析(1)

1、基于数据集的Meta分析

复制代码
datafilename=c("data1.txt","data2.txt"),
setwd(workdir)
library(Metalgwas)
a=1
name1=c()
for(i in datafilename){  assign(paste("file",a,sep=""),data.table::fread(paste(getwd(),"/","data",a,".txt",sep="")))
    name1=c(name1,paste(workdir,"//","data",a,".txt",sep=""))
    a=a+1}
METAL_gwas(GWASfile =name1, Metal_path = "XXXX",#/metal.exe : 放入下载好的软件
                    save_path = "./", GWAS_name = "dat1", 
                    type = "outcome",Analysis_Scheme = "SE", 
                    heterogeneity = TRUE, Average_FREQ = TRUE, 
                    MinMax_FREQ = TRUE, Filter_N = FALSE, Filter_MAF = 0.01, 
                    Genomic_Control_Correction = FALSE, Sample_Overlap_Correction = FALSE)

需要下载metal:Metal - Meta Analysis Helper for SNP data

得出来结果在文件夹中dat1.txt

相关推荐
Mister Leon1 天前
机器学习Adaboost算法----SAMME算法和SAMME.R算法
算法·机器学习·r语言
Tiger Z2 天前
R 语言科研绘图第 67 期 --- 箱线图-显著性
r语言·论文·科研·绘图·研究生
惊岁晚2 天前
【实践记录】github仓库的更新
算法·容器·r语言·github
UQWRJ5 天前
R语言基础图像及部分调用函数
开发语言·r语言
Chef_Chen5 天前
从0开始学习R语言--Day64--决策树回归
学习·决策树·r语言
Yolo566Q6 天前
R语言与作物模型(以DSSAT模型为例)融合应用高级实战技术
开发语言·经验分享·r语言
是Dream呀7 天前
速度与精度的结合:Faster R-CNN模型的性能剖析
开发语言·r语言·cnn
开开心心就好7 天前
PDF转图片工具,一键转换高清无损
服务器·前端·智能手机·r语言·pdf·excel·batch
Chef_Chen7 天前
从0开始学习R语言--Day62--RE插补
开发语言·学习·r语言
东方佑7 天前
递归推理树(RR-Tree)系统:构建认知推理的骨架结构
开发语言·r语言·r-tree