反应力场的生成物、反应路径分析方法

Mr. Material2024-12-26 21:22

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建模篇：分子动力学模型快速构建 \rm 建模篇：分子动力学模型快速构建 建模篇：分子动力学模型快速构建

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1、 建模篇（上）：OPLSAA力场参数之快速建模---MS+Moltemplate

2 、建模篇（下）：力场快速设置-AuToFF+Moltemplate

反应力场的生成物、反应路径分析方法

针对 《 M a t l a b 实现反应力场物产统计》 \rm 《Matlab实现反应力场物产统计》 《Matlab实现反应力场物产统计》 中的案例（ E x a m p l e / r e a x / C H O \rm Example/reax/CHO Example/reax/CHO）。

一、LAMMPS in文件（出自Example/reax/CHO）

根据Lammps以下的命令可以获得化学键的断裂情况以及反应生成物，那么如何统计反应路径呢？

cpp 复制代码 
# REAX potential for CHO system
# .....

units		real

atom_style	charge
read_data	data.CHO

pair_style	reax/c NULL
pair_coeff	* * ffield.reax.cho H C O

neighbor	2 bin
neigh_modify	every 10 delay 0 check no

fix		        1 all nve
fix             2 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq
fix             3 all temp/berendsen 500.0 5000.0 100.0
fix             4 all reax/c/species 1 1 100 species.out 

timestep	0.25

dump		1 all atom 1000 dump.reax.cho

run		100000

二、化学键生成可视化

1. Python脚本

这里用到了鲍老师（公众号: LAMMPS与AI材料设计）早起开源的代码计算，结合Ovito可以实现化学键断裂、生成的可视化。

根据Lammps的命令" f i x 1 a l l r e a x f f / b o n d s 100 b o n d s . r e a x f f \rm fix\ 1\ all\ reaxff/bonds\ 100\ bonds.reaxff fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxff"

python 复制代码 
#结合LAMMPS中fix bond/reaxff和dump命令的输出文件，将fix bond/reaxff中的键结信息和dump中的坐标信息转换组合写入一系列data文件中。由此就可利用ovito进行可视化。ovito可以读入系列文件，这样就可以看到分子如何断键分解，或反应物如何成键生成产物
#要求使用atom_style full，以保留分子id信息在ovito中分析
#fix bond/reaxff和dump的输出频率要一致。当模拟时间很长时输出频率不能太快。
#对于原子数很多的体系代码速度会较慢
#dump命令必须使用以下格式
#dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id mol type q x y z
#

work_path = "F:\\官能团\\out-12-16\\group-120-150\\新建文件夹\\New Folder\\"

bonds = open(work_path + "bonds.reaxff","r")
dump = open(work_path + "dump.out","r")

N_Frame = 49

n_atom = 105
n_bond = 0
atom_sec = []
bond_sec = []

for i in range(N_Frame):
    for j in range(5):
        line_dump = dump.readline()

    line_dump = dump.readline()
    xlo = line_dump.split()[0]
    xhi = line_dump.split()[1]
    line_dump = dump.readline()
    ylo = line_dump.split()[0]
    yhi = line_dump.split()[1]
    line_dump = dump.readline()
    zlo = line_dump.split()[0]
    zhi = line_dump.split()[1]
    line_dump = dump.readline()
    for k in range(n_atom):
        line_dump = dump.readline()
        atom_sec.append(line_dump)
    if i == 0:
        pre_line = 7
    else:
        pre_line = 8
    for j in range(pre_line):
        line_bond = bonds.readline()
    for k in range(n_atom):
        line_bond = bonds.readline()
        nb = int(line_bond.split()[2])
        for l in range(nb):
            n_bond += 1
            tmp = str(n_bond) + " " + "1" + " " + line_bond.split()[0] + " " + line_bond.split()[3+l] + "\n"
            bond_sec.append(tmp)
    data = open(work_path + "data" + str(i),"w")
    data.write("LAMMPS data from bonds\n")
    data.write("\n")
    data.write(str(n_atom) + " " + "atoms\n")
    data.write("3 atom types\n")
    data.write(str(n_bond) + " " + "bonds\n")
    data.write("1 bond types\n")
    data.write("\n")
    data.write(str(xlo) + " " + str(xhi) + " " + "xlo xhi\n")
    data.write(str(ylo) + " " + str(yhi) + " " + "ylo yhi\n")
    data.write(str(zlo) + " " + str(zhi) + " " + "zlo zhi\n")
    data.write("\n")
    data.write("Atoms\n")
    data.write("\n")
    data.writelines(atom_sec)
    data.write("\n")
    data.write("Bonds\n")
    data.write("\n")
    data.writelines(bond_sec)
    data.close()
    n_bond = 0
    atom_sec = []
    bond_sec = []

2. Matlab 脚本

matlab 复制代码 
work_path = "F:\官能团\out-12-16\group-120-150\新建文件夹\New Folder\";

% 使用 fullfile 拼接路径
bonds_file_path = fullfile(work_path, "bonds.reaxff");
dump_file_path = fullfile(work_path, "dump.out");


% 检查文件是否存在
if ~isfile(bonds_file_path)
    error("File not found: %s", bonds_file_path);
end
if ~isfile(dump_file_path)
    error("File not found: %s", dump_file_path);
end

% 打开文件
bonds_file = fopen(bonds_file_path, 'r');
dump_file = fopen(dump_file_path, 'r');

N_Frame = 49;  % 总帧数
n_atom = 105;  % 原子数

% 初始化
atom_sec = {};
bond_sec = {};
n_bond = 0;

for i = 1:N_Frame
    % 跳过前5行
    for j = 1:5
        fgetl(dump_file);
    end

    % 读取盒子尺寸
    line_dump = fgetl(dump_file);
    line_dump_split = strsplit(line_dump);
    xlo = str2double(line_dump_split{1});
    xhi = str2double(line_dump_split{2});

    line_dump = fgetl(dump_file);
    line_dump_split = strsplit(line_dump);
    ylo = str2double(line_dump_split{1});
    yhi = str2double(line_dump_split{2});

    line_dump = fgetl(dump_file);
    line_dump_split = strsplit(line_dump);
    zlo = str2double(line_dump_split{1});
    zhi = str2double(line_dump_split{2});
    fgetl(dump_file); % 跳过一行

    % 读取原子部分
    for k = 1:n_atom
        atom_sec{k} = fgetl(dump_file);
    end

    % bonds.reaxff 文件处理
    if i == 1
        pre_line = 7;
    else
        pre_line = 8;
    end
    for j = 1:pre_line
        fgetl(bonds_file);
    end

    % 读取键信息
    bond_idx = 1;
    for k = 1:n_atom
        line_bond = fgetl(bonds_file);
        bond_data = strsplit(line_bond);
        nb = str2double(bond_data{3});
        for l = 1:nb
            n_bond = n_bond + 1;
            bond_sec{bond_idx} = sprintf('%d 1 %s %s\n', n_bond, bond_data{1}, bond_data{3+l});
            bond_idx = bond_idx + 1;
        end
    end

    % 写入 data 文件
    data_filename = fullfile(work_path, sprintf("data%d", i));
    data_file = fopen(data_filename, 'w');
    if data_file == -1
        error("Failed to open file: %s", data_filename);
    end
    
    fprintf(data_file, "LAMMPS data from bonds\n\n");
    fprintf(data_file, "%d atoms\n", n_atom);
    fprintf(data_file, "3 atom types\n");
    fprintf(data_file, "%d bonds\n", n_bond);
    fprintf(data_file, "1 bond types\n\n");
    fprintf(data_file, "%f %f xlo xhi\n", xlo, xhi);
    fprintf(data_file, "%f %f ylo yhi\n", ylo, yhi);
    fprintf(data_file, "%f %f zlo zhi\n\n", zlo, zhi);
    fprintf(data_file, "Atoms\n\n");
    fprintf(data_file, "%s\n", atom_sec{:});
    fprintf(data_file, "\nBonds\n\n");
    fprintf(data_file, "%s\n", bond_sec{:});
    fclose(data_file);

    % 重置变量
    n_bond = 0;
    atom_sec = {};
    bond_sec = {};
end

% 关闭文件
fclose(bonds_file);
fclose(dump_file);

三、反应路径分析

这里需要用到，曾晋哲等开发的《Reaxff力场反应网络分析reacnetgenerator》。

Jinzhe Zeng, Liqun Cao, Chih-Hao Chin, Haisheng Ren, John Z. H. Zhang, and Tong Zhu. ReacNetGenerator: an automatic reaction network generator for reactive molecular dynamics simulations. Phys. Chem. Chem. Phys., 22(2):683--691, 2020. doi:10.1039/C9CP05091D.

1. 安装

cpp 复制代码 
# upgrade pip as old pip may not be supported
pip install -U pip
pip install reacnetgenerator

2. 分析

注意 : \color{red} 注意: 注意: $\rm 轨迹文件格式： id type x y z $

针对Lammps生成的轨迹文件

cpp 复制代码 
reacnetgenerator --type bond -i bonds.reaxc -a C H O --nohmm

会在目录下生成一下文件：

2.1 反应网络

2.2 生成物

2.3 路径

四 详细案例及教程

（请点击）

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