VTK.js 是一个用于在现代网页浏览器中进行3D可视化的强大JavaScript库。它由Kitware开发,灵感来源于流行的VTK(Visualization Toolkit)项目,但专为Web环境设计。VTK.js允许用户创建、操作和显示3D模型、数据集和交互式可视化内容。它利用WebGL进行高性能渲染,支持多种数据格式,并提供丰富的交互功能,适用于科学可视化、医学图像处理、GIS、工业设计和游戏开发等多个领域。通过VTK.js,开发者可以在网页上轻松实现复杂的数据可视化,将专业级的可视化工具带到浏览器中。
先用python代码将一组bmp转为3D numpy并降采样,再保存为.vti格式文件
python
import os
import vtk
from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk
import numpy as np
from PIL import Image
from scipy.ndimage import zoom
def read_bmp_stack(folder_path, downsample_factor=10):
"""读取文件夹中的 BMP 图片,并转换为 3D numpy 数组,同时进行降采样"""
file_list = sorted([f for f in os.listdir(folder_path) if f.endswith('.bmp')])
if not file_list:
raise ValueError("No BMP files found in the folder")
sample_image = Image.open(os.path.join(folder_path, file_list[0]))
width, height = sample_image.size
depth = len(file_list)
volume_data = np.zeros((depth, height, width), dtype=np.uint8)
for i, file_name in enumerate(file_list):
img = Image.open(os.path.join(folder_path, file_name)).convert('L')
volume_data[i, :, :] = np.array(img)
# 进行降采样
downsampled_data = zoom(volume_data, (1/downsample_factor, 1/downsample_factor, 1/downsample_factor), order=1)
return downsampled_data
def save_vti(volume_data, output_file):
"""将 3D numpy 数据保存为 .vti 文件,并确保 <DataArray> 直接包含数据"""
depth, height, width = volume_data.shape
image_data = vtk.vtkImageData()
image_data.SetDimensions(width, height, depth)
image_data.SetSpacing(1.0, 1.0, 1.0) # 更新间距以匹配降采样比例
flat_data = volume_data.flatten(order='C') # C-order 保证正确的数据存储顺序
vtk_array = numpy_to_vtk(flat_data, deep=True, array_type=vtk.VTK_UNSIGNED_CHAR)
image_data.GetPointData().SetScalars(vtk_array)
# image_data.GetCellData().SetScalars(vtk_array)
writer = vtk.vtkXMLImageDataWriter()
writer.SetFileName(output_file)
writer.SetInputData(image_data)
writer.SetDataModeToBinary() # 确保 <DataArray> 直接包含数据
writer.SetCompressorTypeToZLib() # 启用压缩
writer.Write()
print(f"VTI file saved: {output_file}")
if __name__ == "__main__":
folder_path = "../../adata/3dbmps" # 替换为你的BMP文件夹路径
output_vti_file = "3dbmp4s.vti" # 输出的 VTI 文件名
volume_data = read_bmp_stack(folder_path, downsample_factor=4)
save_vti(volume_data, output_vti_file)
不同降采样程度可获得不同大小的vti文件

使用VTK.js库显示vti文件内容

支持先将DICOM文件集转成VTK.JS或VTI格式,再显示出来
DICOM into VTK.JS or VTI files
GitHub - KitwareMedical/dicom-exporter: DICOM file converter in Python
bash
cd dicomexporter
dicom-exporter E:/Working/adata/CircleofWillis E:/Working/adata/dicomtovti.vti
// or
dicom-exporter E:/Working/adata/CircleofWillis E:/Working/adata/dicomtovti.vtkjs
