R语言分析10x的Xenium空间转录组数据

探序基因2026-02-04 11:15

以 "健康和哮喘患者支气管内活检组织的Xenium原位基因表达" 为例子，GSE269354。

《A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma》

注意，此文章测空间转录组只测了不到400个基因。

样本描述：

使用了10x的Xenium空间转录组技术，和GeoMx的。

GSE页面：

xenium.txt.gz记录了各种信息，cells.csv.gz，细胞质心坐标，cell_boundaries.csv.gz，细胞的边界坐标。nucleus_boundaries.csv.gz

GSM8313612_0013717_asthma_healthy_cell_cell_boundaries.csv:

GSM8313612_0013717_asthma_healthy_transcripts.csv：

应该没有转录组表达量信息，只是表明此cell_id捕获到了这个转录本。

参考：