使用TRUST4分析普通转录组数据的TCR/BCR

github地址：https://github.com/liulab-dfci/TRUST4_manuscript_evaluation

安装方法：

git clone https://github.com/liulab-dfci/TRUST4.git
cd TRUST4
make -j

此文件夹下就有了可运行的run-trust4程序，也有了hg38_bcrtcr.fa和human_IMGT+C.fa文件

./run_trust4 -t 8 -1 $R1 -2 $R2 -f bcrtcr.fa --ref IMGT+C.fa

运行时间测评：

普通RNASeq样本，两个fastq文件一共大约6G，8线程，大概运行半个小时。

如果之前的有bam文件，也可使用。

./run_trust4 -t 8 -b $BAM -f bcrtcr.fa --ref IMGT+C.fa

参考：

TRUST4：通过bulk和single cell RNA测序数据重建免疫组库https://zhuanlan.zhihu.com/p/708712610