conda全流程安装seurat4及其依赖 | 包含各类报错解决

基本战略：前期可以用conda进行安装；后期包较多时打开R进行安装。

顺利版

bash 复制代码

conda create -n seurat4 r-base=4.3.0

# 最方便、快捷的方法：
conda install conda-forge::r-seurat==4.4.0

如果conda无法成功安装

可在R交互界面中安装seurat4.4，网络顺利的话可以按照如下安装：

R 复制代码

install.packages('remotes')
remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))

若网络不顺利，显示如下之类的报错：

就去下载好相关的tar.gz包：（链接直达）

Seurat_4.4.0.tar.gz

|------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|---|
| SeuratObject_4.1.4.tar.gz | |

SeuratObject 直接安装会报错，根据报错信息一个个安装依赖：

R 复制代码

install.packages('sp')
install.packages('future')
install.packages('future.apply')
.... # 除了Matrix外，都可以通过install.packages安装

# Matrix需要旧版本，如果R中无法装，则转入conda
install.packages('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-5.tar.gz')
# conda install conda-forge::r-matrix==1.6_5

# 依赖包安装完成后，再执行
install.packages("/data1/workspace/wind/SeuratObject_4.1.4.tar.gz")

直接安装Seurat的时候也会存在缺失依赖：

解决方式同理：

R 复制代码

install.packages('cluster')
install.packages('cowplot')
install.packages('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/MASS/MASS_7.3-60.0.1.tar.gz')
install.packafes('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/leiden/leiden_0.4.3.tar.gz')
install.packages('fitdistrplus')
....# 根据显示的依赖项进行修补

写在后面：

seurat4中ggplot2版本通常是3.5.x版本，目前最新ggplot2版本在4.0.x。若搭配最新的，则在Vlnplot等一系列相关绘图中会产生报错（如下），解决方式为回退ggplot2的版本，执行如下。

https://github.com/satijalab/seurat/issues/10101#issuecomment-4083607788

Error in deparse(substitute(e2, env = caller_env(2))) :

'S4SXP': should not happen - please report

Error during wrapup: 'S4SXP': should not happen - please report

Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart

R 复制代码

install.packages("remotes")  #if needed
library(remotes)
install_version("ggplot2", version = "3.5.2", repos = "https://cran.r-project.org")

后续还有问题再补充