手里已经有 Word 和 PDF，还要不要把论文交给 Codex 再走一遍流程？我拿来做示例的论文包已经很完整。正文统计为 25,212 个字符，参考文献 34 条，Word 里有 12 张图片和 10 张原生表格，PDF 一共 40 页。封面、目录、正文、图表和参考文献都能打开。它的最终状态仍然是 PARTIAL。原因写在 QA 报告里。学校模板没有提供，真实项目代码、业务数据和运行日志也不在材料中。系统实现只能写成设计方案，测试章只能保留用例和验收标准。文件生成了，论文距离提交还有几件硬事没做完。
这类稿子很适合从 ARS-Codex 中途接入。研究问题和初稿已经存在，重新从第一阶段检索一遍会浪费时间。官方 academic-pipeline 允许带着现有论文从 Stage 2.5 开始，先查引用、数据和主张，再决定能不能进入评审。
▲ 示例论文已经生成正式页面，但现有文件只作为后续审计的输入。
01｜先把公众号文章和论文成品分开
你现在读的是一篇公众号攻略。它需要把进入方式、关键操作和判断讲清楚，段落要短，提示词要能直接复制。仓库里几百行协议没有必要全搬进来，读者只要知道哪一步会被拦住，手里应该出现什么文件。
论文成品服从另一套要求。研究问题要能回答，引用要回到原文，方法和数据要说明来路，图表必须与正文一致。学校模板、页码、题注和参考文献格式也要逐项核对。公众号可以用一张表概括流程，论文不能用概括替代证据。
这两件事混在一起，文章会像说明书，论文又会像教程。下面的正文只讲怎样操作 ARS-Codex。每次提到论文结果，都以实际文件和审计记录为准。
02｜Codex 用户先选对仓库
Imbad0202/academic-research-skills 是上游主仓库，原生面向 Claude Code。Codex 用户使用作者维护的兄弟仓库 Imbad0202/academic-research-skills-codex。两边共享学术研究流程，安装入口和运行方式不同。Codex 版只注册一个入口。
$academic-research-suite这个入口会按任务把请求送到五类工作流。研究问题还很宽时进入 deep-research，已有材料需要写论文时进入 academic-paper，审稿用 academic-paper-reviewer，实验规划交给 experiment-agent。从研究走到交付的长任务才启动 academic-pipeline。
安装可以按官方仓库当前给出的插件方式执行。
codex plugin marketplace add Imbad0202/academic-research-skills-codex --ref main
codex plugin add ars-codex@ars-codex安装完成以后，新开一个 Codex 对话，输入 /skills。列表里看到 academic-research-suite，入口才算就位。
这里有个容易走错的地方。读者只想查一批文献，直接用 deep-research 就够了。已经有一份论文，需要查引用和评审，也不用重跑完整的研究阶段。Router 会先看你手里有什么，再决定从哪一步进入。
03｜已有初稿从 Stage 2.5 进入
ARS 的正式十阶段从 Stage 1 开始，到 Stage 6 结束。中间包含 Stage 2.5、Stage 3′、Stage 4′ 和 Stage 4.5。开工前的材料盘点可以做，但它不占十阶段里的一个位置。带着现有论文进入时，先准备四类材料。
- 当前论文正文，优先提供可编辑的 Markdown 或 DOCX。
- 正式参考文献清单，以及能回到 DOI、出版社或官方页面的链接。
- 图表原文件、数据说明和可用的代码证据。
- 已知缺口，例如没有学校模板、没有真实实验或某一章仍是设计稿。
示例论文已经具备正文、证据矩阵、参考文献审计、修订日志、DOCX 和 PDF。它也清楚记录了三项缺口。这样的输入比一句"帮我看看论文"有用得多。
第一次调用可以直接复制下面这段。
使用 $academic-research-suite。
我已经有一份论文初稿，请按 academic-pipeline 的 mid-entry 规则判断入口。
当前材料包括论文正文、参考文献、证据矩阵、图表、DOCX、PDF 和已有 QA 报告。
已知缺口包括学校模板、真实项目代码、业务数据和运行日志。
请从 Stage 2.5 INTEGRITY 开始。
先列出本阶段实际收到的材料、缺失材料和阻塞风险，不要直接修改正文，也不要进入 Stage 3。这段话做了两件很实际的事。它告诉 Router 现有稿件处在哪个位置，也要求 Codex 先确认输入。少了一份参考文献原表，或者图表只有截图，完整性检查的范围都会变化。
04｜Stage 2.5 先拆引用、数字和论文主张
Stage 2.5 是第一道强制门禁。官方流程把检查分成参考文献、引用语境、统计数据、原创性和论文主张五部分。这里出现阻塞项，流程就留在本阶段修正，不能直接进入审稿。
示例论文的证据矩阵有 34 行。每一行保存题名、作者、年份、DOI 或官方链接、核验入口、准备支持的主张和使用章节。正文若写 REST 支持分层架构，可以沿着引用编号回到 Fielding 的原始论文和 HTTP 标准。Spring Boot 官方文档只能证明框架能力，不能证明这套助农系统已经部署成功。
▲ 正文中的研究框架和引用编号需要能回到证据矩阵，而不是只在文末堆一页参考文献。
实现类论文还要多查一步。正文里出现"系统已经完成""接口响应稳定""测试全部通过"时，Codex 必须找到固定代码提交、运行命令、原始日志或真实结果。材料里只有架构图和接口示例，这些句子就应降为设计方案或待验证项。可以把 Stage 2.5 的任务写成下面这样。
执行 Stage 2.5 INTEGRITY。
逐条检查正式参考文献是否存在，引用句是否得到来源支持，数字是否有原始依据，图表是否与正文一致。
单独检查实现、实验和性能主张，要求它们回到代码、数据、命令或日志。
输出完整性报告和修正后的论文副本。
无法确认的项目标记 FAIL 或 INSUFFICIENT EVIDENCE，并给出正文位置。
存在阻塞项时停止，等待我处理，不进入 Stage 3。示例包里已经有一份主张与引用审计，它确认论文没有写入虚构的吞吐量、用户数量和收益比例。这份旧报告可以交给 ARS 参考，不能代替 Stage 2.5。官方门禁要针对你现在提交的正文重新检查，旧稿改过一个数字，结论就可能失效。
05｜Stage 3 到 Stage 4′ 把修改做成可追踪事项
Stage 2.5 通过后，Stage 3 才开始正式评审。ARS 的完整模式会留下五席评审意见、编辑决定和修订路线图。领域、方法、论证和反方压力由不同位置检查，最后再合成决定。
示例论文原有一份同行评审报告，记录了学校模板、真实代码和视觉复核等问题。它可以成为辅助材料，但它没有五席独立报告，也没有完整的编辑决定与修订路线图。接入 ARS 后，这部分要按仓库的正式产物补齐。
评审结束后进入 Stage 4。修改不能只留下一份新 Word。每条意见都要有编号，写清修改位置、处理动作、验证方法和当前状态。示例包的修订日志记录了八件具体问题，其中包括图片路径失效、PDF 纸张尺寸错误、图题位置不清和参考文献排版过密。每一项都能回到文件和检查结果。
Stage 3′ 会拿旧稿、修订稿、评审意见和答复记录做复审。它检查作者声称已经解决的问题是否真的解决。结果仍是 Major 时，流程进入 Stage 4′ 做第二轮修订；问题已经收住，就转入 Stage 4.5。这一段可以这样交给 Codex。
进入 Stage 4 REVISE。
请按 Revision Roadmap 逐项修改，并生成 Response to Reviewers。
每一项保留问题编号、原文位置、修改内容、证据或验证方式、当前状态。
没有解决的项目不得省略，统一标记为未解决或已知限制。
完成后停止，等待我确认进入 Stage 3′ RE-REVIEW。那张没有漏项的修改记录往往最有价值。导师第二轮提出同一个问题时，你能立刻看到上次改了哪里，也能发现当时只改了文字，没有补证据。
06｜Stage 4.5 会重新检查整篇论文
Stage 4.5 是第二道完整性门禁。它从头检查引用、数据、原创性和主张，不能只复查 Stage 2.5 曾经发现的项目。修改会带来新的引用错位，图表也可能在换页和重排时出问题。
官方流程要求 Stage 4.5 以零问题通过，随后才能进入 Stage 5。示例论文目前的 PARTIAL 状态说明学校模板、真实代码和运行证据仍有缺口。现有 DOCX 和 PDF 可以继续用于检查，却不能反过来证明 Stage 4.5 已经通过。
▲ 没有代码、数据库和真实接口结果时，不填写模型猜出的通过率。
最终门禁的提示词要明确要求重新扫描。
进入 Stage 4.5 FINAL INTEGRITY。
请忽略上一轮完整性报告的结论，从当前修订稿重新检查全部参考文献、引用语境、数字、图表、实现证据和限制声明。
核对 Revision Roadmap 与 Response to Reviewers 是否逐项闭合。
只在零阻塞问题时给出 PASS。
仍有学校模板、代码、数据或实验缺口时，保留 PARTIAL 或 FAIL，并停在当前阶段。很多论文会在这里停一阵。这很正常。它至少告诉作者还差哪一份材料，避免把漂亮排版当成内容已经过关。
07｜Stage 5 管格式，Stage 6 留下过程记录
Stage 4.5 通过以后，Stage 5 才开始生成正式交付文件。官方流程先保留 Markdown 定稿，环境允许时通过 Pandoc 生成 DOCX，再生成 LaTeX。作者确认内容以后，PDF 从 LaTeX 编译，流程明确禁止拿网页直接转成最终论文 PDF。
Stage 5 的检查也分两层。机器先确认 DOCX 能解包、图片和表格都在，PDF 能解析，页数、纸张和文字提取正常。作者随后人工翻页，检查目录、题注、跨页表格、参考文献和学校模板。
示例论文已经生成 DOCX 和 40 页 A4 PDF，12 张图片与 10 张表都在文件里。它们证明格式链能够工作。学校模板和真实系统证据仍然缺失，所以这些文件当前适合继续修改和人工复核。
▲ 参考文献到了 PDF 里，还要继续检查作者、版本、换行和著录格式。
正式十阶段的最后一步是 Stage 6。它会根据各阶段状态、评审和修订记录生成论文创作过程记录。这个阶段可以在 Stage 5 完成检查点选择跳过。需要向导师或团队说明人机分工时，过程记录很有用，它能交代 AI 做了哪些工作，作者在哪些节点确认，哪些限制一直没有解除。
到这里，论文文件和论文过程才算分开保存。前者用于修改和提交，后者回答这篇论文怎样走到今天这一步。
08｜如果你现在只有题目
只有一个宽泛题目时，不要直接套用本文的 Stage 2.5 提示词。ARS-Codex 会先把任务送到 deep-research 的 socratic 模式，帮助你把题目收成能回答的研究问题。研究问题确认后进入 Stage 1，随后才是写作和完整性检查。第一次可以只做一个很小的动作。
使用 $academic-research-suite。
我想写一篇关于 [研究方向] 的论文，目前只有宽泛题目，还没有明确研究问题。
请进入 deep-research 的 socratic 模式，通过提问帮我收敛研究问题。
现在不要写大纲，也不要生成论文正文。如果你眼下卡在选题、开题和初稿整理，也可以先用 AIWritePaper 把已有题目和材料整理成一版可编辑初稿。初稿完成后，把正文、引用清单和现有材料一起交给 ARS-Codex，从 Stage 2.5 做完整性检查。AIWritePaper 负责把材料先整理出来，论文里的引用、数据、实验和最终提交仍要由作者逐项确认。
这条流程不要求一天跑完。已有初稿就从 Stage 2.5 开始，只有题目就先收敛研究问题。每次只推进一个阶段，打开产物看一遍，再决定下一步。