python ~/batch_predict.py ~/28.fasta -l 410
✓ 使用 GPU 加速：NVIDIA GeForce RTX ******** GPU
✓ GPU 显存：11.9 GB
✓ 输出目录：/home/xiaoxiao/results
正在读取 FASTA 文件：/home/xiaoxiao/28.fasta
⚠ 跳过 4 个过长的序列 (> 410 aa):
- 12-1000026: 416 aa
- 12-1001503: 440 aa
- 12-1000298: 498 aa
- 12-1000053: 525 aa
✓ 共 28 个序列，将处理 24 个
正在加载 ESMFold 模型...
✓ 模型加载完成
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开始批量预测
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预测进度: 0%| | 0/24 00:00\
1/24 处理序列：12-1002334
序列长度：29 氨基酸
正在预测结构...
/home/xiaoxiao/miniconda/envs/esm_env/lib/python3.10/site-packages/openfold/utils/tensor_utils.py:92: UserWarning: Using a non-tuple sequence for multidimensional indexing is deprecated and will be changed in pytorch 2.9; use xtuple(seq) instead of xseq. In pytorch 2.9 this will be interpreted as tensor index, xtorch.tensor(seq), which will result either in an error or a different result (Triggered internally at /pytorch/torch/csrc/autograd/python_variable_indexing.cpp:347.)
return dataranges
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002334.pdb
PDB 大小：17214 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 4%|█▋ | 1/24 00:00\<00:20, 1.14seq/s
2/24 处理序列：12-1001184
序列长度：28 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001184.pdb
PDB 大小：17862 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 8%|███▎ | 2/24 00:01\<00:16, 1.37seq/s
3/24 处理序列：12-1000341
序列长度：28 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000341.pdb
PDB 大小：17862 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 12%|████▉ | 3/24 00:02\<00:14, 1.49seq/s
4/24 处理序列：12-1000943
序列长度：30 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000943.pdb
PDB 大小：18996 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 17%|██████▌ | 4/24 00:02\<00:12, 1.56seq/s
5/24 处理序列：12-1001910
序列长度：30 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001910.pdb
PDB 大小：18915 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 21%|████████▏ | 5/24 00:03\<00:11, 1.60seq/s
6/24 处理序列：12-1000798
序列长度：81 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000798.pdb
PDB 大小：45240 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 25%|█████████▊ | 6/24 00:03\<00:11, 1.54seq/s
7/24 处理序列：12-1000621
序列长度：74 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000621.pdb
PDB 大小：46779 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 29%|███████████▍ | 7/24 00:04\<00:11, 1.53seq/s
8/24 处理序列：12-1001024
序列长度：77 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001024.pdb
PDB 大小：47022 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 33%|█████████████ | 8/24 00:05\<00:11, 1.39seq/s
9/24 处理序列：12-1002008
序列长度：72 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002008.pdb
PDB 大小：47751 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 38%|██████████████▋ | 9/24 00:06\<00:11, 1.31seq/s
10/24 处理序列：12-1002801
序列长度：132 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002801.pdb
PDB 大小：84039 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 42%|███████████████▊ | 10/24 00:07\<00:13, 1.03seq/s
11/24 处理序列：12-1002419
序列长度：132 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002419.pdb
PDB 大小：84120 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 46%|█████████████████▍ | 11/24 00:09\<00:14, 1.11s/seq
12/24 处理序列：12-1002414
序列长度：146 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002414.pdb
PDB 大小：88089 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 50%|███████████████████ | 12/24 00:10\<00:15, 1.30s/seq
13/24 处理序列：12-1002311
序列长度：185 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002311.pdb
PDB 大小：115062 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 54%|████████████████████▌ | 13/24 00:13\<00:19, 1.76s/seq
14/24 处理序列：12-1002420
序列长度：180 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002420.pdb
PDB 大小：114981 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 58%|██████████████████████▏ | 14/24 00:16\<00:20, 2.03s/seq
15/24 处理序列：12-1002435
序列长度：187 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002435.pdb
PDB 大小：117168 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 62%|███████████████████████▊ | 15/24 00:19\<00:20, 2.29s/seq
16/24 处理序列：12-1002009
序列长度：205 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002009.pdb
PDB 大小：117573 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 67%|█████████████████████████▎ | 16/24 00:22\<00:21, 2.69s/seq
17/24 处理序列：12-1001225
序列长度：187 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001225.pdb
PDB 大小：122109 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 71%|██████████████████████████▉ | 17/24 00:25\<00:19, 2.74s/seq
18/24 处理序列：12-1001109
序列长度：246 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001109.pdb
PDB 大小：155481 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 75%|████████████████████████████▌ | 18/24 00:31\<00:21, 3.60s/seq
19/24 处理序列：12-1001694
序列长度：262 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001694.pdb
PDB 大小：157263 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 79%|██████████████████████████████ | 19/24 00:38\<00:22, 4.54s/seq
20/24 处理序列：12-1000453
序列长度：254 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000453.pdb
PDB 大小：160665 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 83%|███████████████████████████████▋ | 20/24 00:44\<00:19, 4.98s/seq
21/24 处理序列：12-1000173
序列长度：268 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000173.pdb
PDB 大小：162204 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 88%|█████████████████████████████████▎ | 21/24 00:51\<00:16, 5.62s/seq
22/24 处理序列：12-1000161
序列长度：284 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1000161.pdb
PDB 大小：180672 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 92%|██████████████████████████████████▊ | 22/24 00:59\<00:12, 6.31s/seq
23/24 处理序列：12-1002154
序列长度：332 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1002154.pdb
PDB 大小：194442 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 96%|████████████████████████████████████▍ | 23/24 01:10\<00:07, 7.85s/seq
24/24 处理序列：12-1001945
序列长度：399 氨基酸
正在预测结构...
✓ 成功！保存到：/home/xiaoxiao/results/12-1001945.pdb
PDB 大小：232431 字节
显存使用：7.88 GB
预测进度: 100%|██████████████████████████████████████| 24/24 01:28\<00:00, 3.69s/seq
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预测完成！
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总序列数：28
处理：24
跳过：4
成功：24
失败：0
总耗时：0:01:28.493143
平均每个序列：0:00:03.687214
结果保存在：/home/xiaoxiao/results
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